MirGeneDB ID | Dre-Mir-145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-145 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCCAGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-145 Ami-Mir-145 Bta-Mir-145 Cfa-Mir-145 Cja-Mir-145 Cli-Mir-145 Cmi-Mir-145 Cpi-Mir-145 Cpo-Mir-145 Dno-Mir-145 Ebu-Mir-145 Eca-Mir-145 Ete-Mir-145 Gga-Mir-145 Gja-Mir-145 Gmo-Mir-145 Hsa-Mir-145 Laf-Mir-145 Lch-Mir-145 Loc-Mir-145 Mal-Mir-145 Mdo-Mir-145 Mml-Mir-145 Mmr-Mir-145 Mmu-Mir-145 Mun-Mir-145 Neu-Mir-145 Oan-Mir-145 Ocu-Mir-145 Pab-Mir-145 Pbv-Mir-145 Pma-Mir-145 Rno-Mir-145 Sha-Mir-145 Spt-Mir-145 Sto-Mir-145 Tgu-Mir-145 Xla-Mir-145-P1 Xla-Mir-145-P2 Xtr-Mir-145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr14: 38743970-38744030 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-145) |
Mir-143
chr14: 38742335-38742389 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-145 chr14: 38743970-38744030 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUCAGUCUUCAUCAUUUCCUCAUCCCCGGGGUCCAGUUUUCCCAGGAAUCCCUUGGGCAAUCGAAAGGGGGAUUCCUGGAAAUACUGUUCUUGGGGUUGGGGCUGGACUACUGAAUAUGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUCAGUCUUCAUCAUUU--| U UC U C UGGGCA CCUCA CCCCGGGG CAGU UU CCAGGAAUCCCU A GGGGU GGGGUUCU GUCA AA GGUCCUUAGGGG U CAGUAUAAGUCAUCAGGUC^ U U- U A GAAAGC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There are Dicer cuts -1 and -2 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dre-Mir-145_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0001842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUCCAGUUUUCCCAGGAAUCCCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-145 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dre-Mir-145_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0031976 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GGAUUCCUGGAAAUACUGUUCU -61
Get sequence
|