MirGeneDB ID | Pma-Mir-145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-145 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCCAGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-145 Ami-Mir-145 Bta-Mir-145 Cfa-Mir-145 Cja-Mir-145 Cli-Mir-145 Cmi-Mir-145 Cpi-Mir-145 Cpo-Mir-145 Dno-Mir-145 Dre-Mir-145 Ebu-Mir-145 Eca-Mir-145 Ete-Mir-145 Gga-Mir-145 Gja-Mir-145 Gmo-Mir-145 Hsa-Mir-145 Laf-Mir-145 Lch-Mir-145 Loc-Mir-145 Mal-Mir-145 Mdo-Mir-145 Mml-Mir-145 Mmr-Mir-145 Mmu-Mir-145 Mun-Mir-145 Neu-Mir-145 Oan-Mir-145 Ocu-Mir-145 Pab-Mir-145 Pbv-Mir-145 Rno-Mir-145 Sha-Mir-145 Spt-Mir-145 Sto-Mir-145 Tgu-Mir-145 Xla-Mir-145-P1 Xla-Mir-145-P2 Xtr-Mir-145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046089.1: 6112208-6112266 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-145) |
Mir-143
NC_046089.1: 6110951-6111006 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-145 NC_046089.1: 6112208-6112266 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAAAAUCUCAGAAUUCCCUGCGUGGGCAUGGUCCAGUUUUCCCAGGAAUCCCUGUGCCCUUUUCCCGGGAUUCCAGGAAUAACUGUCCAAGCACACGUGGCGCAGCGUCCAGCAGAAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAAAAUCUCAGAAUUCC--|UG G A UC - CA UGUGCC C CGUG GC UGG CAGUU UUCC GGAAUCCC C G GCAC CG ACC GUCAA AAGG CCUUAGGG U GGAAGACGACCUGCGACGC^GU A A U- U A- CCCUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pma-Mir-145_5p |
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mirBase accession | MIMAT0019476 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUCCAGUUUUCCCAGGAAUCCCU -23
Get sequence
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Star sequence | Pma-Mir-145_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0019477 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GGAUUCCAGGAAUAACUGUCCA -59
Get sequence
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