| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-145 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCCAGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-145 Ami-Mir-145 Bta-Mir-145 Cfa-Mir-145 Cja-Mir-145 Cli-Mir-145 Cmi-Mir-145 Cpi-Mir-145 Cpo-Mir-145 Dno-Mir-145 Dre-Mir-145 Ebu-Mir-145 Eca-Mir-145 Ete-Mir-145 Gga-Mir-145 Gja-Mir-145 Gmo-Mir-145 Hsa-Mir-145 Laf-Mir-145 Lch-Mir-145 Loc-Mir-145 Mal-Mir-145 Mdo-Mir-145 Mml-Mir-145 Mmr-Mir-145 Mmu-Mir-145 Mun-Mir-145 Neu-Mir-145 Oan-Mir-145 Ocu-Mir-145 Pab-Mir-145 Pbv-Mir-145 Pma-Mir-145 Rno-Mir-145 Sha-Mir-145 Spt-Mir-145 Sto-Mir-145 Tgu-Mir-145 Xla-Mir-145-P1 Xla-Mir-145-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr3: 31807233-31807292 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-145) |
Mir-143
chr3: 31806273-31806327 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-145 chr3: 31807233-31807292 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCACAGUCAUAUGUGACCUAUUCCUCAAGGUCCAGUUUUCCCAGGAAUCCCUUGGGUGCUGUGGUGGGGAUUCCUGGAAAUACUGUUCUUGGGGUGUAGGCGUGGCAACUGGAACUCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CUCACAGUCAUAUGUGA--| U UC U C UGGGUG CCUAU CCUCAAGG CAGU UU CCAGGAAUCCCU \ GGAUG GGGGUUCU GUCA AA GGUCCUUAGGGG C CUCUCAAGGUCAACGGUGC^ U U- U A UGGUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There are Dicer cuts -1 and -2 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-145_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003688 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUCCAGUUUUCCCAGGAAUCCCU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-145 |
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| Star sequence | Xtr-Mir-145_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GGAUUCCUGGAAAUACUGUUCU -60
Get sequence
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