MirGeneDB ID | Tni-Mir-138-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-138 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCUGGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-138-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-138-P1 Ami-Mir-138-P1 Bta-Mir-138-P1 Cfa-Mir-138-P1 Cja-Mir-138-P1 Cli-Mir-138-P1 Cmi-Mir-138-P1 Cpo-Mir-138-P1 Dno-Mir-138-P1 Dre-Mir-138-P1a Eca-Mir-138-P1 Ete-Mir-138-P1 Gga-Mir-138-P1 Gja-Mir-138-P1 Gmo-Mir-138-P1a Hsa-Mir-138-P1 Laf-Mir-138-P1 Lch-Mir-138-P1 Loc-Mir-138-P1 Mal-Mir-138-P1a Mdo-Mir-138-P1 Mml-Mir-138-P1 Mmr-Mir-138-P1 Mmu-Mir-138-P1 Mun-Mir-138-P1 Neu-Mir-138-P1 Oan-Mir-138-P1 Ocu-Mir-138-P1 Pab-Mir-138-P1 Pbv-Mir-138-P1 Pma-Mir-138-o1 Rno-Mir-138-P1 Sha-Mir-138-P1 Spt-Mir-138-P1 Sto-Mir-138-P1 Tgu-Mir-138-P1 Xtr-Mir-138-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
21: 4348474-4348534 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCGCCGCCUGCUGGCUCGGUGAGGCGGGGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGCCGCAGUCCAAGGACCGGCUACUUCCCAACACCAGGGUCCCACAUCACCCCUCACCACUUAGCAGGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCGCCGCCUGCUGGCUC--| GGC AG U UCA CCGCAGU GGUGA GGGGC CUGGUGUUG GAA GGCCG \ CCACU CCCUG GACCACAAC CUU UCGGC C UAGGACGAUUCACCACUCC^ ACA G- C CA- CAGGAAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tni-Mir-138-P1a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Tni-Mir-138-P1a_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- GCUACUUCCCAACACCAGGGU -61
Get sequence
|