| MirGeneDB ID | Gga-Mir-138-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-138 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCUGGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gga-mir-138-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gga-Mir-138-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-138-P1 Ami-Mir-138-P1 Bta-Mir-138-P1 Cfa-Mir-138-P1 Cja-Mir-138-P1 Cli-Mir-138-P1 Cmi-Mir-138-P1 Cpo-Mir-138-P1 Dno-Mir-138-P1 Dre-Mir-138-P1a Eca-Mir-138-P1 Ete-Mir-138-P1 Gja-Mir-138-P1 Gmo-Mir-138-P1a Gmo-Mir-138-P1b Hsa-Mir-138-P1 Laf-Mir-138-P1 Lch-Mir-138-P1 Loc-Mir-138-P1 Mal-Mir-138-P1a Mal-Mir-138-P1b Mdo-Mir-138-P1 Mml-Mir-138-P1 Mmr-Mir-138-P1 Mmu-Mir-138-P1 Mun-Mir-138-P1 Neu-Mir-138-P1 Oan-Mir-138-P1 Ocu-Mir-138-P1 Pab-Mir-138-P1 Pbv-Mir-138-P1 Pma-Mir-138-o1 Rno-Mir-138-P1 Sha-Mir-138-P1 Spt-Mir-138-P1 Sto-Mir-138-P1 Tgu-Mir-138-P1 Tni-Mir-138-P1a Xla-Mir-138-P1c Xla-Mir-138-P1d Xtr-Mir-138-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
2: 40676611-40676671 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACGCAGGGCCCUGCCGGGUGCCGUGCAGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGUCACCAGUCGGAGAACGGCUACUUCACAACACCAGGGUGGCACUGCACCACACUUCGACGCCAGCCAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GACGCAGGGCCCUGCCG--| C A AG UCA UCACCAG GGUGC GUGC GC CUGGUGUUGUGAA GGCCG \ CCACG CACG UG GACCACAACACUU UCGGC U GACCGACCGCAGCUUCACA^ U G G- CA- AAGAGGC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gga-Mir-138-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0001122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-138-5p miRDB: MIMAT0001122 |
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| Star sequence | Gga-Mir-138-P1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- GCUACUUCACAACACCAGGGU -61
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-138-1-3p miRDB: MIMAT0026505 |
