MirGeneDB ID | Pbv-Mir-138-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-138 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCUGGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pbv-mir-138-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pbv-Mir-138-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-138-P1 Ami-Mir-138-P1 Bta-Mir-138-P1 Cfa-Mir-138-P1 Cja-Mir-138-P1 Cli-Mir-138-P1 Cmi-Mir-138-P1 Cpo-Mir-138-P1 Dno-Mir-138-P1 Dre-Mir-138-P1a Eca-Mir-138-P1 Ete-Mir-138-P1 Gga-Mir-138-P1 Gja-Mir-138-P1 Gmo-Mir-138-P1a Gmo-Mir-138-P1b Hsa-Mir-138-P1 Laf-Mir-138-P1 Lch-Mir-138-P1 Loc-Mir-138-P1 Mal-Mir-138-P1a Mal-Mir-138-P1b Mdo-Mir-138-P1 Mml-Mir-138-P1 Mmr-Mir-138-P1 Mmu-Mir-138-P1 Mun-Mir-138-P1 Neu-Mir-138-P1 Oan-Mir-138-P1 Ocu-Mir-138-P1 Pab-Mir-138-P1 Pma-Mir-138-o1 Rno-Mir-138-P1 Sha-Mir-138-P1 Spt-Mir-138-P1 Sto-Mir-138-P1 Tgu-Mir-138-P1 Tni-Mir-138-P1a Xla-Mir-138-P1c Xla-Mir-138-P1d Xtr-Mir-138-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE953062.1: 339909-339969 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGUUCUCCAAAACAUCUGGCUCAGUGUAGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGUCACCUAUUAGAGAACGGCUACUUCACAACACCAGGGUUGCCCUGUACCACAGACUACUGCCCAUGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CGUUCUCCAAAACAUCU--| CU U AG UCA UCACCUA GG CAG GUAGC CUGGUGUUGUGAA GGCCG \ CC GUC CGUUG GACCACAACACUU UCGGC U AGGUACCCGUCAUCAGACA^ AU C G- CA- AAGAGAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pbv-Mir-138-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038949 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCG -23
Get sequence
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Star sequence | Pbv-Mir-138-P1_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- GCUACUUCACAACACCAGGGU -61
Get sequence
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