MirGeneDB ID | Tni-Mir-21-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-21 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCUUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tni-mir-21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-21-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-21 Ami-Mir-21 Bta-Mir-21 Cfa-Mir-21 Cja-Mir-21 Cli-Mir-21 Cmi-Mir-21 Cpi-Mir-21 Cpo-Mir-21 Dno-Mir-21 Dre-Mir-21-P1 Ebu-Mir-21 Eca-Mir-21 Ete-Mir-21 Gga-Mir-21 Gja-Mir-21 Gmo-Mir-21-P1 Hsa-Mir-21 Laf-Mir-21 Lch-Mir-21 Loc-Mir-21 Mal-Mir-21-P1 Mdo-Mir-21 Mml-Mir-21 Mmr-Mir-21 Mmu-Mir-21 Mun-Mir-21 Neu-Mir-21 Oan-Mir-21 Ocu-Mir-21 Pab-Mir-21 Pbv-Mir-21 Pma-Mir-21 Rno-Mir-21 Sha-Mir-21 Spt-Mir-21 Sto-Mir-21 Tgu-Mir-21 Xtr-Mir-21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
7: 1044929-1044989 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUUACAUCUGUCACUCUCGGCCUGUCAAAUAGCUUAUCAGACUGGUGUUGGCUGUUAAGAUUGCAAGGCGACAACAGUCUGAAGGCUGUCUGACAUUUCGGGCUCUUUCAUCUGACCAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUUUACAUCUGUCACUC--| CC A A G G UGUUAA UCGG UGUCA AUAGCUU UCAGACUG UGUUG C G GGCU ACAGU UGUCGGA AGUCUGAC ACAGC G A CGACCAGUCUACUUUCUCG^ UU C - A G AACGUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tni-Mir-21-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0003000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCUUAUCAGACUGGUGUUGGC -23
Get sequence
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Star sequence | Tni-Mir-21-P1_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CGACAACAGUCUGAAGGCUGUC -61
Get sequence
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