MirGeneDB ID | Gga-Mir-21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-21 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCUUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-21 Ami-Mir-21 Bta-Mir-21 Cfa-Mir-21 Cja-Mir-21 Cli-Mir-21 Cmi-Mir-21 Cpi-Mir-21 Cpo-Mir-21 Dno-Mir-21 Dre-Mir-21-P1 Dre-Mir-21-P2 Ebu-Mir-21 Eca-Mir-21 Ete-Mir-21 Gja-Mir-21 Gmo-Mir-21-P1 Gmo-Mir-21-P2 Hsa-Mir-21 Laf-Mir-21 Lch-Mir-21 Loc-Mir-21 Mal-Mir-21-P1 Mal-Mir-21-P2 Mdo-Mir-21 Mml-Mir-21 Mmr-Mir-21 Mmu-Mir-21 Mun-Mir-21 Neu-Mir-21 Oan-Mir-21 Ocu-Mir-21 Pab-Mir-21 Pbv-Mir-21 Pma-Mir-21 Rno-Mir-21 Sha-Mir-21 Spt-Mir-21 Sto-Mir-21 Tgu-Mir-21 Tni-Mir-21-P1 Tni-Mir-21-P2 Xla-Mir-21-P3 Xla-Mir-21-P4 Xtr-Mir-21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
19: 7513428-7513487 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACAUCCCCAUGGCUGUACCAUCCUGUCGGAUAGCUUAUCAGACUGAUGUUGACUGUUGGAUCUCAUGGCAACAACAGUCGGUAGGCUGUCUGACAUUUUGGUAUCUCUCAUCUGACCGUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACAUCCCCAUGGCUGUA--| UCC A A A GUUGG CCA UGUCGGAUAGCUUAUC GACUG UGUUG CU A GGU ACAGUCUGUCGGAUGG CUGAC ACAAC GG U UUGCCAGUCUACUCUCUAU^ UUU - A - UACUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gga-Mir-21_5p |
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mirBase accession | MIMAT0003774 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGCUUAUCAGACUGAUGUUGACU -24
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-21-5p miRDB: MIMAT0003774 |
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Star sequence | Gga-Mir-21_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0026643 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CAACAACAGUCGGUAGGCUGUC -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-21-3p miRDB: MIMAT0026643 |