| MirGeneDB ID | Xla-Mir-190-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-190 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAUAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-190-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-190 Aca-Mir-190-P3 Ami-Mir-190-P3 Asu-Mir-190 Bfl-Mir-190 Bge-Mir-190 Bla-Mir-190 Bpl-Mir-190 Bta-Mir-190-P3 Cbr-Mir-190 Cel-Mir-190 Cfa-Mir-190-P3 Cgi-Mir-190 Cmi-Mir-190-P3 Cpi-Mir-190-P3 Cpo-Mir-190-P3 Cte-Mir-190 Dan-Mir-190 Dma-Mir-190 Dme-Mir-190 Dmo-Mir-190 Dno-Mir-190-P3 Dpu-Mir-190 Dre-Mir-190-P3 Dsi-Mir-190 Dya-Mir-190 Esc-Mir-190 Ete-Mir-190-P3 Gga-Mir-190-P3 Gja-Mir-190-P3 Gmo-Mir-190-P3 Hme-Mir-190 Hsa-Mir-190-P3 Isc-Mir-190 Lch-Mir-190-P3 Mal-Mir-190-P3 Mdo-Mir-190-P3 Mml-Mir-190-P3 Mmu-Mir-190-P3 Npo-Mir-190 Oan-Mir-190-P3 Obi-Mir-190 Ocu-Mir-190-P3 Ovu-Mir-190 Pbv-Mir-190-P3 Pfl-Mir-190 Pma-Mir-190-o3 Pmi-Mir-190 Rno-Mir-190-P3 Sha-Mir-190-P3 Sko-Mir-190 Spt-Mir-190-P3 Sto-Mir-190-P3 Tca-Mir-190 Tgu-Mir-190-P3 Tni-Mir-190-P3 Xbo-Mir-190 Xtr-Mir-190-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030739.1: 97211632-97211691 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGGACUCACCGAGCUGCUAAGGUUCUGUCUGAUAUGUUUGAUAUUGGGUUGUUUUACUGAAACUCGACUAAAUAUCUUACAUAUUGUUACAGCACCCUGGCCACGCCCCCUGCUGUUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAGGACUCACCGAGCUG-- A U CU-| UU G UUUUAC CUA GGU CUGU GAUAUGU GAUAUU GGUUG \ GGU CCA GACA UUAUACA CUAUAA UCAGC U UCUUGUCGUCCCCCGCACC C C UUG^ UU A UCAAAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-190-P3b_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAUAUGUUUGAUAUUGGGUUG -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-190-P3b_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACUAAAUAUCUUACAUAUUGUUA -60
Get sequence
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