| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-190-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-190 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAUAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-190 Aca-Mir-190-P3 Ami-Mir-190-P3 Asu-Mir-190 Bfl-Mir-190 Bge-Mir-190 Bla-Mir-190 Bpl-Mir-190 Bta-Mir-190-P3 Cbr-Mir-190 Cel-Mir-190 Cfa-Mir-190-P3 Cgi-Mir-190 Cmi-Mir-190-P3 Cpi-Mir-190-P3 Cpo-Mir-190-P3 Cte-Mir-190 Dan-Mir-190 Dma-Mir-190 Dme-Mir-190 Dmo-Mir-190 Dno-Mir-190-P3 Dpu-Mir-190 Dre-Mir-190-P3 Dsi-Mir-190 Dya-Mir-190 Esc-Mir-190 Ete-Mir-190-P3 Gga-Mir-190-P3 Gja-Mir-190-P3 Gmo-Mir-190-P3 Hme-Mir-190 Hsa-Mir-190-P3 Isc-Mir-190 Lch-Mir-190-P3 Mal-Mir-190-P3 Mdo-Mir-190-P3 Mml-Mir-190-P3 Mmu-Mir-190-P3 Npo-Mir-190 Oan-Mir-190-P3 Obi-Mir-190 Ocu-Mir-190-P3 Ovu-Mir-190 Pbv-Mir-190-P3 Pfl-Mir-190 Pma-Mir-190-o3 Pmi-Mir-190 Rno-Mir-190-P3 Sha-Mir-190-P3 Sko-Mir-190 Spt-Mir-190-P3 Sto-Mir-190-P3 Tca-Mir-190 Tgu-Mir-190-P3 Tni-Mir-190-P3 Xbo-Mir-190 Xla-Mir-190-P3a Xla-Mir-190-P3b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
AKAT9956_415224979: 345-404 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACCCCCCCCCGACCCGCCGUGGUUCUGUCUGAUAUGUUUGAUAUUAGGUUGUUUUACUAAAACUCGACUAAAUAUCAUACAUAUUGCUACAGCGCCCUGGCCACGCCCCCUGCAGCUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GACCCCCCCCCGACCCG-- U U CU-| U A UUUUAC CCG GGU CUGU GAUAUGU UGAUAUU GGUUG \ GGU CCG GACA UUAUACA ACUAUAA UCAGC U CUUCGACGUCCCCCGCACC C C UCG^ U A UCAAAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Not in assembly but in trace archive. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-190-P3_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0025392 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAUAUGUUUGAUAUUAGGUUG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-190 |
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| Star sequence | Xtr-Mir-190-P3_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACUAAAUAUCAUACAUAUUGCUA -60
Get sequence
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