MirGeneDB ID | Tni-Mir-190-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-190 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAUAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tni-Mir-190-P1a Tni-Mir-190-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-190 Aca-Mir-190-P3 Ami-Mir-190-P3 Asu-Mir-190 Bfl-Mir-190 Bge-Mir-190 Bla-Mir-190 Bpl-Mir-190 Bta-Mir-190-P3 Cbr-Mir-190 Cel-Mir-190 Cfa-Mir-190-P3 Cgi-Mir-190 Cmi-Mir-190-P3 Cpi-Mir-190-P3 Cpo-Mir-190-P3 Cte-Mir-190 Dan-Mir-190 Dma-Mir-190 Dme-Mir-190 Dmo-Mir-190 Dno-Mir-190-P3 Dpu-Mir-190 Dre-Mir-190-P3 Dsi-Mir-190 Dya-Mir-190 Esc-Mir-190 Ete-Mir-190-P3 Gga-Mir-190-P3 Gja-Mir-190-P3 Gmo-Mir-190-P3 Hme-Mir-190 Hsa-Mir-190-P3 Isc-Mir-190 Lch-Mir-190-P3 Mal-Mir-190-P3 Mdo-Mir-190-P3 Mml-Mir-190-P3 Mmu-Mir-190-P3 Npo-Mir-190 Oan-Mir-190-P3 Obi-Mir-190 Ocu-Mir-190-P3 Ovu-Mir-190 Pbv-Mir-190-P3 Pfl-Mir-190 Pma-Mir-190-o3 Pmi-Mir-190 Rno-Mir-190-P3 Sha-Mir-190-P3 Sko-Mir-190 Spt-Mir-190-P3 Sto-Mir-190-P3 Tca-Mir-190 Tgu-Mir-190-P3 Xbo-Mir-190 Xla-Mir-190-P3a Xla-Mir-190-P3b Xtr-Mir-190-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
8: 7791021-7791086 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACCUCCCCUGCAGACUGGCCGGAGGCUGUGUGAUAUGUUUGAUAUUCGGUUGUUCUUGUUCGCUUUGUCGUCAACUAAAUAUCAGACAUAUUCCUACAGAGUCUGGCACUGACGCCUGUUGCACCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACCUCCCCUGCAGACUG-- GG U-| CG UUCUUGUUC GCCGGA CUGUG GAUAUGUUUGAUAUU GUUG \ CGGUCU GACAU UUAUACAGACUAUAA CAAC G GCCACGUUGUCCGCAGUCA GA CC^ AU UGCUGUUUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tni-Mir-190-P3_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAUAUGUUUGAUAUUCGGUUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Tni-Mir-190-P3_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- ACUAAAUAUCAGACAUAUUCCUA -66
Get sequence
|