MirGeneDB ID | Bta-Mir-34-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-34b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Mir-34-P1 Bta-Mir-34-P2b Bta-Mir-34-P3a Bta-Mir-34-P3b Bta-Mir-34-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Aca-Mir-34-P2a Ami-Mir-34-P2a Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cfa-Mir-34-P2a Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cli-Mir-34-P2a Cmi-Mir-34-P2a Cpi-Mir-34-P2a Cpo-Mir-34-P2a Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dno-Mir-34-P2a Dpu-Mir-34 Dre-Mir-34-P2a Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Ebu-Mir-34-P2a Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Ete-Mir-34-P2a Gga-Mir-34-P2a Gja-Mir-34-P2a Hsa-Mir-34-P2a Isc-Mir-34 Lch-Mir-34-P2a Lgi-Mir-34 Loc-Mir-34-P2a Mdo-Mir-34-P2a Mml-Mir-34-P2a Mmu-Mir-34-P2a Mun-Mir-34-P2a Npo-Mir-34 Oan-Mir-34-P2a Obi-Mir-34 Ocu-Mir-34-P2a Ovu-Mir-34 Pbv-Mir-34-P2a Pfl-Mir-34 Pmi-Mir-34 Rno-Mir-34-P2a Sha-Mir-34-P2a Sko-Mir-34 Spt-Mir-34-P2a Spu-Mir-34 Sto-Mir-34-P2a Tca-Mir-34 Tgu-Mir-34-P2a Xbo-Mir-34 Xla-Mir-34-P2a1a Xla-Mir-34-P2a1b Xla-Mir-34-P2a2a Xla-Mir-34-P2a2b Xtr-Mir-34-P2a1 Xtr-Mir-34-P2a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037342.1: 21816741-21816799 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P2a) |
Mir-34-P2a
NC_037342.1: 21816741-21816799 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-34-P2b NC_037342.1: 21817441-21817495 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGCCCGCGGGCGCCCGGUGCUCGGUUUGUAGGCAGUGUAAUUAGCUGAUUGUACUCUCAUGCUUACAAUCACUAGUUCCACUGCCAUCAAAACAAGGCACAGCAUCACCCGCCGCCCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAGCCCGCGGGCGCCCG- CG GUA-| U C ACUCU GUGCU GUUU GGCAGUG AAUUAG UGAUUGU C CACGG CAAA CCGUCAC UUGAUC ACUAACA A UCCCGCCGCCCACUACGA AA ACUA^ C - UUCGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bta-Mir-34-P2a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0003549 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGCAGUGUAAUUAGCUGAUUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-34b |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Bta-Mir-34-P2a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AAUCACUAGUUCCACUGCCAUC -59
Get sequence
|