MirGeneDB ID | Cfa-Mir-29-P2d7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-29c-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-29-P1b-v1 Cfa-Mir-29-P1b-v2 Cfa-Mir-29-P1d-v1 Cfa-Mir-29-P1d-v2 Cfa-Mir-29-P2b Cfa-Mir-29-P2d8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-29-P2d Ami-Mir-29-P2d Asu-Mir-29-P2 Bfl-Mir-29-P2 Bla-Mir-29-P2 Cbr-Mir-29-P2 Cel-Mir-29-P2 Cgi-Mir-29-P2 Cin-Mir-29-P2 Cli-Mir-29-P2d Cmi-Mir-29-P2d Cpi-Mir-29-P2d Cpo-Mir-29-P2d Csc-Mir-29-P2 Cte-Mir-29-P2 Dno-Mir-29-P2d Esc-Mir-29-P2 Ete-Mir-29-P2d Gga-Mir-29-P2d Gja-Mir-29-P2d Hsa-Mir-29-P2d Isc-Mir-29-P2 Lch-Mir-29-P2d Lgi-Mir-29-P2 Loc-Mir-29-P2d-v1 Loc-Mir-29-P2d-v2 Mdo-Mir-29-P2d Mml-Mir-29-P2d Mmu-Mir-29-P2d Mun-Mir-29-P2d Npo-Mir-29-P2 Oan-Mir-29-P2d Obi-Mir-29-P2 Ocu-Mir-29-P2d Ovu-Mir-29-P2 Pbv-Mir-29-P2d Pfl-Mir-29-P2 Pmi-Mir-29-P2 Sha-Mir-29-P2d Sko-Mir-29-P2 Spt-Mir-29-P2d Spu-Mir-29-P2 Sto-Mir-29-P2d Tgu-Mir-29-P2d Xbo-Mir-29-P2 Xtr-Mir-29-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. familiaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr7: 6651339-6651396 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P2d7) |
Mir-29-P2d7
chr7: 6651339-6651396 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-29-P1d-v1 chr7: 6651878-6651942 [-] UCSC Ensembl Mir-29-P1d-v2 chr7: 6651879-6651941 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CACCACCGGACCCAUCUCUUACACAGGCUGACCGAUUUCUCCUGGUGUUCAGAGUCUGUUUUUGUCUAGCACCAUUUGAAAUCGGUUAUGAUGUAGGGGGAAAAGCAGCAGCCUCGAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CACCACCGGACCCAUCU---- -| GGC UCC C GUCUG CUUACA CA UGACCGAUUUC UGGUGUU AGA \ GGAUGU GU AUUGGCUAAAG ACCACGA UCU U AAGCUCCGACGACGAAAAGGG A^ --- UUU - GUUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cfa-Mir-29-P2d7_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACCGAUUUCUCCUGGUGUUCAGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-29-P2d7_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0006705 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UAGCACCAUUUGAAAUCGGUUA -58
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-29c miRDB: MIMAT0006705 |