MirGeneDB ID | Cja-Mir-103-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-103 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cja-Mir-103-P1 Cja-Mir-103-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-103-P4 Ami-Mir-103-P4 Bta-Mir-103-P4 Cfa-Mir-103-P4 Cli-Mir-103-P4 Cmi-Mir-103-P4 Cpi-Mir-103-P4 Cpo-Mir-103-P4 Dno-Mir-103-P4 Eca-Mir-103-P4 Ete-Mir-103-P4 Gga-Mir-103-P4 Gja-Mir-103-P4 Hmi-Mir-103 Hsa-Mir-103-P4 Laf-Mir-103-P4 Lch-Mir-103-P4 Loc-Mir-103-P4 Mdo-Mir-103-P4 Mml-Mir-103-P4 Mmr-Mir-103-P4 Mmu-Mir-103-P4 Mun-Mir-103-P4 Neu-Mir-103-P4 Oan-Mir-103-P4 Ocu-Mir-103-P4 Pab-Mir-103-P4 Pbv-Mir-103-P4 Pfl-Mir-103 Pmi-Mir-103 Rno-Mir-103-P4 Sha-Mir-103-P4 Sko-Mir-103 Spt-Mir-103-P4 Spu-Mir-103 Sro-Mir-103 Sto-Mir-103-P4 Tgu-Mir-103-P4 Xbo-Mir-103 Xla-Mir-103-P4 Xtr-Mir-103-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021916.1: 29491708-29491767 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAUGUUGCAUUUGAUUUUCUUACUGCCCUCGGCUUCUUUACAGUGCUGCCUUGUUGCAUAUGGAUCAAGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGAAGGCAUUGAGACCUGUUCUUCAUGAUAUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAUGUUGCAUUUGAUUU-- C C --| U U C UUGCA UCUUA UGCC UC GGCU CU UACAGUGCUGC UUG U AGAGU ACGG AG UCGG GA AUGUUACGACG AAC A UUUAUAGUACUUCUUGUCC U A UA^ - C - UAGGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cja-Mir-103-P4_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGCUUCUUUACAGUGCUGCCUUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cja-Mir-103-P4_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGA -60
Get sequence
|