MirGeneDB ID | Cja-Mir-337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-337 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCCUAUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cpo-Mir-337-v1 Cpo-Mir-337-v2 Dno-Mir-337-v1 Dno-Mir-337-v2 Eca-Mir-337 Eca-Mir-337-as Hsa-Mir-337-as Hsa-Mir-337-v1 Hsa-Mir-337-v2 Laf-Mir-337 Mml-Mir-337-as Mml-Mir-337-v1 Mml-Mir-337-v2 Mmr-Mir-337-v1 Mmr-Mir-337-v2 Mmu-Mir-337 Mmu-Mir-337-as Ocu-Mir-337-as Ocu-Mir-337-v1 Ocu-Mir-337-v2 Pab-Mir-337 Rno-Mir-337 Rno-Mir-337-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021924.1: 131682138-131682197 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUGCGACCGUAGUCAGUAGUUGGGGGGUGGGAACGGCUUCAUACAGGAGUUGAUGCACAGUUAUCCAGCUCCUAUAUGAUGCCUUUCUUCAUCCCUUCAACCACGCGCAGCCCCGGACCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUGCGACCGUAGUCAGUA- - -| C U C GAUGCAC GUUG GGGGGUG GGAA GGC UCAUA AGGAGUU \ CAAC UCCCUAC UCUU CCG AGUAU UCCUCGA A CCCAGGCCCCGACGCGCAC U U^ U U A CCUAUUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cja-Mir-337_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAACGGCUUCAUACAGGAGUU -21
Get sequence
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Mature sequence | Cja-Mir-337_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CUCCUAUAUGAUGCCUUUCUUC -60
Get sequence
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