MirGeneDB ID | Mmu-Mir-337-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-337 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAAGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-3544 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-337 Eca-Mir-337 Eca-Mir-337-as Hsa-Mir-337-as Laf-Mir-337 Mml-Mir-337-as Ocu-Mir-337-as Pab-Mir-337 Rno-Mir-337 Rno-Mir-337-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Euarchontoglires | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr12: 109585813-109585873 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-337-as) |
Mir-770
chr12: 109563710-109563765 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-673 chr12: 109572004-109572066 [+] UCSC Ensembl Mir-493 chr12: 109580243-109580305 [+] UCSC Ensembl Mir-337-as chr12: 109585813-109585873 [-] UCSC Ensembl Mir-337 chr12: 109585818-109585871 [+] UCSC Ensembl Mir-540 chr12: 109586085-109586143 [+] UCSC Ensembl Mir-431 chr12: 109590459-109590522 [+] UCSC Ensembl Mir-433 chr12: 109591729-109591802 [+] UCSC Ensembl Mir-127 chr12: 109592854-109592909 [+] UCSC Ensembl Mir-434 chr12: 109594527-109594586 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 chr12: 109595331-109595386 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 chr12: 109595331-109595386 [+] UCSC Ensembl Mir-370 chr12: 109618270-109618326 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCGGAGGCCUCACGCGGUUGAAGGGGGUGAAGAAAGGCAUCAUAUAGGAGCUGAAUGGCUGUGCAAUCAACUCCUGCAUGACGCCGUUCCCACCCCCCAACUUCUCACUACACUGGGACCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCGGAGGCCUCACGCGGUUGAA--| AA A A A C AAUGGC GGGGGUG GAA GGC UCAU UAGGAG UG U CCCCCAC CUU CCG AGUA GUCCUC AC G CCCAGGGUCACAUCACUCUUCAAC^ C- G C C A UAACGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-337-as_5p |
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mirBase accession | MIMAT0022353 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGAAAGGCAUCAUAUAGGAGCUG -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-3544-5p miRDB: MIMAT0022353 |
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Co-mature sequence | Mmu-Mir-337-as_3p |
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mirBase accession | MIMAT0022354 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- ACUCCUGCAUGACGCCGUUCCC -61
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-3544-3p miRDB: MIMAT0022354 |