MirGeneDB ID | Ocu-Mir-337-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-337 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUCCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ocu-Mir-337-v1 Ocu-Mir-337-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-337 Eca-Mir-337 Eca-Mir-337-as Hsa-Mir-337-as Laf-Mir-337 Mml-Mir-337-as Mmu-Mir-337 Mmu-Mir-337-as Pab-Mir-337 Rno-Mir-337 Rno-Mir-337-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Euarchontoglires | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0352: 1560-1620 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-337-as) |
Mir-337-v1
chrUn0352: 1562-1622 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-337-v2 chrUn0352: 1562-1622 [+] UCSC Ensembl Mir-433 chrUn0352: 6784-6857 [+] UCSC Ensembl Mir-127 chrUn0352: 7903-7958 [+] UCSC Ensembl Mir-432 chrUn0352: 9852-9920 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 chrUn0352: 10072-10127 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 chrUn0352: 10072-10127 [+] UCSC Ensembl Mir-370 chrUn0352: 31816-31871 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCGGAGGCUGUGCGUGGUUGAAGAGGAUGAAGAAAGGCAUCAUAUAGGAGCUGGAUGACUGUGCAAUCAACUCCUGUAUGAAGCCGUUCCCAUCCCCCAACUACCGACCGCGGGCCGCGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCGGAGGCUGUGCGUGGUUGAAGA--| AA A A C GAUGAC GGAUG GAA GGC UCAUAUAGGAG UG U CCUAC CUU CCG AGUAUGUCCUC AC G CAGCGCCGGGCGCCAGCCAUCAACCC^ C- G A A UAACGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ocu-Mir-337-as_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGAAAGGCAUCAUAUAGGAGCUG -23
Get sequence
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Mature sequence | Ocu-Mir-337-as_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- ACUCCUGUAUGAAGCCGUUCCC -61
Get sequence
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