MirGeneDB ID | Eca-Mir-337-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-337 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAAGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-337 Hsa-Mir-337-as Laf-Mir-337 Mml-Mir-337-as Mmu-Mir-337 Mmu-Mir-337-as Ocu-Mir-337-as Pab-Mir-337 Rno-Mir-337 Rno-Mir-337-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009171.1: 43177990-43178049 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-337-as) |
Mir-770
CM009171.1: 43150346-43150401 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-493 CM009171.1: 43167648-43167710 [+] UCSC Ensembl Mir-337 CM009171.1: 43177992-43178051 [+] UCSC Ensembl Mir-431 CM009171.1: 43183848-43183911 [+] UCSC Ensembl Mir-433 CM009171.1: 43184725-43184798 [+] UCSC Ensembl Mir-127 CM009171.1: 43185829-43185884 [+] UCSC Ensembl Mir-432 CM009171.1: 43187318-43187386 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 CM009171.1: 43187505-43187560 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 CM009171.1: 43187505-43187560 [+] UCSC Ensembl Mir-370 CM009171.1: 43212467-43212523 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCCGGGGGCUGCGCGAGGUGAAGGGGUGAGGAAAGGCAUCUCAUAGGAGCUGGGUAACUGCGCAUCAGCUCCUGUAUGAAGCCGUUCUCACCCCCCACCUACUGACUACGGCCGCGACCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCCCGGGGGCUGCGCGA---| AA AA A UC GGGUAAC GGUG GGGGUGAGGA GGC UC AUAGGAGCU \ CCAC CCCCACUCUU CCG AG UGUCCUCGA U CCAGCGCCGGCAUCAGUCAU^ C- G- A UA CUACGCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Eca-Mir-337-as_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGAAAGGCAUCUCAUAGGAGCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Eca-Mir-337-as_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CUCCUGUAUGAAGCCGUUCUC -60
Get sequence
|