MirGeneDB ID | Mmu-Mir-337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-337 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCGUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-337 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-337-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-337 Cpo-Mir-337-v1 Cpo-Mir-337-v2 Dno-Mir-337-v1 Dno-Mir-337-v2 Eca-Mir-337 Eca-Mir-337-as Hsa-Mir-337-as Hsa-Mir-337-v1 Hsa-Mir-337-v2 Laf-Mir-337 Mml-Mir-337-as Mml-Mir-337-v1 Mml-Mir-337-v2 Mmr-Mir-337-v1 Mmr-Mir-337-v2 Ocu-Mir-337-as Ocu-Mir-337-v1 Ocu-Mir-337-v2 Pab-Mir-337 Rno-Mir-337 Rno-Mir-337-as | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr12: 109585818-109585871 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-337) |
Mir-770
chr12: 109563710-109563765 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-673 chr12: 109572004-109572066 [+] UCSC Ensembl Mir-493 chr12: 109580243-109580305 [+] UCSC Ensembl Mir-337-as chr12: 109585813-109585873 [-] UCSC Ensembl Mir-337 chr12: 109585818-109585871 [+] UCSC Ensembl Mir-540 chr12: 109586085-109586143 [+] UCSC Ensembl Mir-431 chr12: 109590459-109590522 [+] UCSC Ensembl Mir-433 chr12: 109591729-109591802 [+] UCSC Ensembl Mir-127 chr12: 109592854-109592909 [+] UCSC Ensembl Mir-434 chr12: 109594527-109594586 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v2 chr12: 109595331-109595386 [+] UCSC Ensembl Mir-136-v1 chr12: 109595331-109595386 [+] UCSC Ensembl Mir-370 chr12: 109618270-109618326 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAGUGUAGUGAGAAGUUGGGGGGUGGGAACGGCGUCAUGCAGGAGUUGAUUGCACAGCCAUUCAGCUCCUAUAUGAUGCCUUUCUUCACCCCCUUCAACCGCGUGAGGCCUCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCAGUGUAGUGAGAAGUU- -| C C UUGCA GGGGGGUG GGAA GGCGUCAUG AGGAGUUGA C UCCCCCAC UCUU CCGUAGUAU UCCUCGACU A CCUCCGGAGUGCGCCAACU U^ U A UACCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | The Drosha cut in murids is shifted +3 and the gene is arm switched relative to the other eutherians. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-337_5p |
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mirBase accession | MIMAT0004644 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGGCGUCAUGCAGGAGUUGAUU -22
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004644 TargetScanVert: mmu-miR-337-5p miRDB: MIMAT0004644 |
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Star sequence | Mmu-Mir-337_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0000578 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
32- UCAGCUCCUAUAUGAUGCCUUU -54
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000578 TargetScanVert: mmu-miR-337-3p miRDB: MIMAT0000578 |