MirGeneDB ID | Cli-Mir-1329-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1329 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAGUGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rock pigeon (Columba livia) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cli-mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cli-Mir-1329-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-1329-v1 Ami-Mir-1329 Bta-Mir-1329 Cmi-Mir-1329 Cpi-Mir-1329-v1 Ebu-Mir-1329 Eca-Mir-1329 Gga-Mir-1329-v1 Gja-Mir-1329-v1 Laf-Mir-1329 Mdo-Mir-1329 Mmr-Mir-1329 Mun-Mir-1329 Neu-Mir-1329 Oan-Mir-1329-v1 Pbv-Mir-1329 Pma-Mir-1329 Sha-Mir-1329 Spt-Mir-1329 Sto-Mir-1329 Tgu-Mir-1329-v1 Xtr-Mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (colLiv2) |
scaffold102: 20718008-20718068 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1329-v1) |
Mir-1329-v1
scaffold102: 20718008-20718068 [+]
Mir-1329-v2 scaffold102: 20718009-20718067 [+] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAGAGACAAGUCUUGGUCUGGUUGUAGAGAUACAGUGAUCAGGUUACGAUGGAUUUCUCAAGUAACAACCUCGUAGCUUGAUCACGAUAUCCCUAUGACUUGAGAAACAACAGGUUUAACUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UAGAGACAAGUCUUGGU--|U UG A CA U AUUUCUC C GGU UAG GAUA GUGAUCAGGUUACGA GG A G UCA AUC CUAU CACUAGUUCGAUGCU CC A UCAAUUUGGACAACAAAGA^U GU C AG - AACAAUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cli-Mir-1329-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACAGUGAUCAGGUUACGAUGGA -23
Get sequence
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Star sequence | Cli-Mir-1329-v1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0038673 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CUCGUAGCUUGAUCACGAUAUC -61
Get sequence
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