MirGeneDB ID | Ebu-Mir-1329 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1329 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAGUGA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-1329-v1 Aca-Mir-1329-v2 Ami-Mir-1329 Bta-Mir-1329 Cli-Mir-1329-v1 Cli-Mir-1329-v2 Cmi-Mir-1329 Cpi-Mir-1329-v1 Cpi-Mir-1329-v2 Eca-Mir-1329 Gga-Mir-1329-v1 Gga-Mir-1329-v2 Gja-Mir-1329-v1 Gja-Mir-1329-v2 Laf-Mir-1329 Mdo-Mir-1329 Mmr-Mir-1329 Mun-Mir-1329 Neu-Mir-1329 Oan-Mir-1329-v1 Oan-Mir-1329-v2 Pbv-Mir-1329 Pma-Mir-1329 Sha-Mir-1329 Spt-Mir-1329 Sto-Mir-1329 Tgu-Mir-1329-v1 Tgu-Mir-1329-v2 Xla-Mir-1329-P1 Xla-Mir-1329-P2 Xtr-Mir-1329 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010672.1: 1352125-1352194 [-] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCGGUGAGUGUGUUGAGACACAUGGCGGUCGACAGUGACCAGGUUUUGACGGUGAAAUCUGCCGAACCACUCACCAGCAGGUCAAGAUCGUCACUGUAGUCCACGCUGAAAACUGACACAAAACAUUAUGGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCGGUGAGUGUGUUGAGACACAU GUCG--| CA G- GAAAUCUGCCG GGCG ACAGUGAC GGUUUUGAC GU \ UCGC UGUCACUG CUAGAACUG CG A GUAUUACAAAACACAGUCAAAAG ACCUGA^ -- GA ACCACUCACCA . 120 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ebu-Mir-1329_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GACAGUGACCAGGUUUUGACGGU -23
Get sequence
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Star sequence | Ebu-Mir-1329_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
49- GGUCAAGAUCGUCACUGUAGU -70
Get sequence
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