MirGeneDB ID | Gga-Mir-1329-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1329 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Mir-1329-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-1329-v2 Ami-Mir-1329 Bta-Mir-1329 Cli-Mir-1329-v2 Cmi-Mir-1329 Cpi-Mir-1329-v2 Ebu-Mir-1329 Eca-Mir-1329 Gja-Mir-1329-v2 Laf-Mir-1329 Mdo-Mir-1329 Mmr-Mir-1329 Mun-Mir-1329 Neu-Mir-1329 Oan-Mir-1329-v2 Pbv-Mir-1329 Pma-Mir-1329 Sha-Mir-1329 Spt-Mir-1329 Sto-Mir-1329 Tgu-Mir-1329-v2 Xtr-Mir-1329 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
3: 96917373-96917431 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1329-v2) |
Mir-1329-v1
3: 96917372-96917432 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-1329-v2 3: 96917373-96917431 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAAACAAGUCUUGGUCUGGUUGUAGAGAUACAGUGAUCACGUUACGAUGGAUUUCUCAAGUAACAACCUCGUAGCUUGAUCACGAUAUCCCUAUGACUUGAGAAACAGCAGGUUGAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGAAACAAGUCUUGGUCU--| UG A CA C U AUUUCUC GGU UAG GAUA GUGAUCA GUUACGA GG A UCA AUC CUAU CACUAGU CGAUGCU CC A CAAGUUGGACGACAAAGAGU^ GU C AG U - AACAAUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gga-Mir-1329-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0007281 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACAGUGAUCACGUUACGAUGGAU -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-1329-5p miRDB: MIMAT0007281 |
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Star sequence | Gga-Mir-1329-v2_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0007282 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CCUCGUAGCUUGAUCACGAUAU -59
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-1329-3p miRDB: MIMAT0007282 |