MirGeneDB ID | Laf-Mir-1329 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1329 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAGUGA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-1329-v1 Aca-Mir-1329-v2 Ami-Mir-1329 Bta-Mir-1329 Cli-Mir-1329-v1 Cli-Mir-1329-v2 Cmi-Mir-1329 Cpi-Mir-1329-v1 Cpi-Mir-1329-v2 Ebu-Mir-1329 Eca-Mir-1329 Gga-Mir-1329-v1 Gga-Mir-1329-v2 Gja-Mir-1329-v1 Gja-Mir-1329-v2 Mdo-Mir-1329 Mmr-Mir-1329 Mun-Mir-1329 Neu-Mir-1329 Oan-Mir-1329-v1 Oan-Mir-1329-v2 Pbv-Mir-1329 Pma-Mir-1329 Sha-Mir-1329 Spt-Mir-1329 Sto-Mir-1329 Tgu-Mir-1329-v1 Tgu-Mir-1329-v2 Xla-Mir-1329-P1 Xla-Mir-1329-P2 Xtr-Mir-1329 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010047.1: 20519608-20519668 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGAAGGGGGAUCUUGGUUUGGUUUUAGGGGUACAGUGACCAGGUUACGAUGGAUUUCUCAAGUGAGAACCUCGUAGCUGGGUCACAAUAUCUGUAUGACUCCAUCUUCCCUCCCCCGUAUUGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGAAGGGGGAUCUUGGUUU--| U G CA A U AUUUCUC GGUU UA GGGUA GUGACC GGUUACGA GG A UCAG AU UCUAU CACUGG UCGAUGCU CC A UUAUGCCCCCUCCCUUCUACC^ U G AA G - AAGAGUG . 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Laf-Mir-1329_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACAGUGACCAGGUUACGAUGGA -23
Get sequence
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Star sequence | Laf-Mir-1329_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CUCGUAGCUGGGUCACAAUAUC -61
Get sequence
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