MirGeneDB ID | Dme-Mir-279-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dme-mir-286 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dme-Mir-279-P1 Dme-Mir-279-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-279-P2a Aae-Mir-279-P2b1 Aae-Mir-279-P2b2 Bpl-Mir-279 Cgi-Mir-279 Dan-Mir-279-P2 Dma-Mir-279-o2 Dmo-Mir-279-P2 Dpu-Mir-279-o2 Dsi-Mir-279-P2 Dya-Mir-279-P2 Esc-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Diptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
2R: 19661435-19661509 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P2) |
Mir-4983
2R: 19637431-19637502 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-P6c 2R: 19660722-19660787 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P6b 2R: 19660874-19660935 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P6a 2R: 19661012-19661074 [-] UCSC Ensembl Mir-2-P5 2R: 19661162-19661222 [-] UCSC Ensembl Mir-9-P9 2R: 19661300-19661356 [-] UCSC Ensembl Mir-279-P2 2R: 19661435-19661509 [-] UCSC Ensembl Mir-3-P1 2R: 19661600-19661656 [-] UCSC Ensembl Mir-3-P2 2R: 19661710-19661768 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUAUUGGGCACUCCAGUUUUAAAAUUGAAUGGCGAAUGUCGGUAUGGUCUCUUUUUCAAAGAAAGGUUUCGAUUAAGCGAAGUGACUAGACCGAACACUCGUGCUAUAAUUUUAAAAUAUUCAACAUGCUCAGUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUAUUGGGCACUCCAGU-- AAUG A -| A U UUUUCAAAGAAAG UUUAAAAUUG GCGA UG UCGGU UGGUC CU G AAAUUUUAAU UGCU AC AGCCA AUCAG GA U AUGACUCGUACAACUUAUA AUCG C A^ G U AGCGAAUUAGCUU 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dme-Mir-279-P2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0020820 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGCGAAUGUCGGUAUGGUCUCU -22
Get sequence
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Mature sequence | Dme-Mir-279-P2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
52- UGACUAGACCGAACACUCGUGCU -75
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000359 TargetScanFly: dme-miR-286 |