MirGeneDB ID | Hme-Mir-279-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | hme-mir-279b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Hme-Mir-279-o1 Hme-Mir-279-o2 Hme-Mir-279-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-279-P2 Aga-Mir-279-P2 Agr-Mir-279 Bge-Mir-279-P2 Bko-Mir-279-o2 Bpl-Mir-279 Dan-Mir-279-P2 Dlo-Mir-279-P2 Dma-Mir-279-P2 Dme-Mir-279-P2 Dmo-Mir-279-P2 Dpu-Mir-279-P2 Dsi-Mir-279-P2 Dya-Mir-279-P2 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gpa-Mir-279-P2 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 Tca-Mir-279-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Hmel_1) |
HE670979: 5122-5178 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P2) |
Mir-279-P3
HE670979: 4652-4714 [-]
Ensembl
Mir-279-P2 HE670979: 5122-5178 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGAUAAUUGGAAAAAUUUUGCAAUCAGUUAAUGGGUAUAAGUCUAGUGUCACAGUGUGCAUUUGUGACUAGAUCUACACUCAUUGAUUGCUUGCAAACAAAUCUUCAAGAAGAAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAGAUAAUUGGAAAAAU--| U A AG GU GUGU UUUGCAA CAGUUAAUGGGU UA UCUA GUCACA \ AAACGUU GUUAGUUACUCA AU AGAU CAGUGU G UUAAGAAGAACUUCUAAAC^ C C CU -- UUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Hme-Mir-279-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAUGGGUAUAAGUCUAGUGUCACA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Hme-Mir-279-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0024964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGACUAGAUCUACACUCAUUGA -57
Get sequence
|