MirGeneDB ID | Dme-Mir-279-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dme-mir-996 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dme-Mir-279-P1 Dme-Mir-279-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-279-P3 Bpl-Mir-279 Cgi-Mir-279 Dan-Mir-279-P3 Dma-Mir-279-o3 Dmo-Mir-279-P3 Dpu-Mir-279-o3 Dsi-Mir-279-P3 Dya-Mir-279-P3 Esc-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Diptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
3R: 29217202-29217265 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P3) |
Mir-279-P1
3R: 29215606-29215672 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-279-P3 3R: 29217202-29217265 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGAUGCUCUUUUCUGACUCUAUUUUGUCGGCGAACAUGGAUCUAGUGCACGGUGGUUCAUGAUUAAGUUCGUGACUAGAUUUCAUGCUCGUCUAUUAAGUUGGGUCAGCACAACGAAGAGAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGAUGCUCUUUUCUGA-- U U C A -| G GUGGUUCA CUC AUUU GU GGCGA CAUG GAUCUAGU CACG U GGG UGAA UA CUGCU GUAC UUAGAUCA GUGC G CGAGAGAAGCAACACGACU U U U C U^ - UUGAAUUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Drosha cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dme-Mir-279-P3_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0020895 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCGAACAUGGAUCUAGUGCACG -22
Get sequence
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Mature sequence | Dme-Mir-279-P3_3p |
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mirBase accession | MIMAT0005515 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UGACUAGAUUUCAUGCUCGUCU -64
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005515 TargetScanFly: dme-miR-996 |