| MirGeneDB ID | Dme-Mir-279-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-996 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dme-Mir-279-P1 Dme-Mir-279-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-279-P3 Aga-Mir-279-P3 Agr-Mir-279 Bge-Mir-279-P3 Bpl-Mir-279 Dan-Mir-279-P3 Dlo-Mir-279-P3 Dma-Mir-279-P3 Dmo-Mir-279-P3 Dpu-Mir-279-P3 Dsi-Mir-279-P3 Dya-Mir-279-P3 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gpa-Mir-279-P3 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hme-Mir-279-P3 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 Tca-Mir-279-o3 Tca-Mir-279-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
3R: 29217202-29217265 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P3) |
Mir-279-P2
3R: 29215606-29215672 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-279-P3 3R: 29217202-29217265 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGAUGCUCUUUUCUGACUCUAUUUUGUCGGCGAACAUGGAUCUAGUGCACGGUGGUUCAUGAUUAAGUUCGUGACUAGAUUUCAUGCUCGUCUAUUAAGUUGGGUCAGCACAACGAAGAGAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGAUGCUCUUUUCUGA-- U U C A -| G GUGGUUCA CUC AUUU GU GGCGA CAUG GAUCUAGU CACG U GGG UGAA UA CUGCU GUAC UUAGAUCA GUGC G CGAGAGAAGCAACACGACU U U U C U^ - UUGAAUUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dme-Mir-279-P3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020895 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCGAACAUGGAUCUAGUGCACG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dme-Mir-279-P3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0005515 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UGACUAGAUUUCAUGCUCGUCU -64
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005515 TargetScanFly: dme-miR-996 |
