MirGeneDB ID | Aae-Mir-279-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-279 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GACUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Yellow fever mosquito (Aedes aegypti) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aae-mir-996 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aae-Mir-279-P1a Aae-Mir-279-P1b1 Aae-Mir-279-P1b2 Aae-Mir-279-P2 Aae-Mir-279-P25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aga-Mir-279-P3 Agr-Mir-279 Bge-Mir-279-P3 Bpl-Mir-279 Dan-Mir-279-P3 Dlo-Mir-279-P3 Dma-Mir-279-P3 Dme-Mir-279-P3 Dmo-Mir-279-P3 Dpu-Mir-279-P3 Dsi-Mir-279-P3 Dya-Mir-279-P3 Eba-Mir-279 Egr-Mir-279 Esc-Mir-279 Gpa-Mir-279-P3 Gsa-Mir-279 Gsp-Mir-279 Hme-Mir-279-P3 Hru-Mir-279 Isc-Mir-279 Lgi-Mir-279 Lhy-Mir-279 Llo-Mir-279 Mgi-Mir-279 Mom-Mir-279 Npo-Mir-279 Obi-Mir-279 Ovu-Mir-279 Pau-Mir-279 Pcr-Mir-279 Pve-Mir-279 Rph-Mir-279 Sma-Mir-279 Sne-Mir-279 Tca-Mir-279-o3 Tca-Mir-279-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Aaeg_L3) |
supercont1.437: 567506-567574 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-279-P3) |
Mir-279-P3
supercont1.437: 567506-567574 [-]
Ensembl
Mir-279-P2 supercont1.437: 572258-572322 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCGCGGAGGAAGAAACUCAAUUUUCGUCGGCGUGCAUGAAUCUGGUGCACGGUUUUCCAGUUGUAAUAUCGCUUCGUGACUAGAUUACAUGCUCGUCUAUGAAGUUGAGAUCCGGCAACGCUACCAAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCGCGGAGGAAGAAAC---| U C U - G GUUUUCCAGUU UCAAUUU CGU GGCG GCAUG AAUCUGGU CACG \ AGUUGAA GUA CUGC CGUAC UUAGAUCA GUGC G GAACCAUCGCAACGGCCUAG^ - U U A - UUCGCUAUAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Aae-Mir-279-P3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCGUGCAUGAAUCUGGUGCACG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Aae-Mir-279-P3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0014251 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
47- UGACUAGAUUACAUGCUCGUCU -69
Get sequence
|