MirGeneDB ID | Hru-Mir-1994-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1994 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red Abalone (Haliotis rufescens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Hru-Mir-1994-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-1994-P1 Cte-Mir-1994 Dgr-Mir-1994 Eba-Mir-1994-P1 Efe-Mir-1994 Esc-Mir-1994-P1 Lan-Mir-1994-o1a Lan-Mir-1994-o1b Lgi-Mir-1994-P1 Lhy-Mir-1994-P1 Llo-Mir-1994 Mgi-Mir-1994-P1 Mom-Mir-1994-P1 Npo-Mir-1994-P1 Obi-Mir-1994-P1 Ovu-Mir-1994-P1 Pve-Mir-1994-P1 Rph-Mir-1994-P1 War-Mir-1994-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Mollusca | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_023055435.1_xgHalRufe1.0.p_genomic_plus_traces) |
JALGQA010000042.1: 3513498-3513556 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CACCUUCCUGUUUUUUCUGACCUUUACUCAGGGGAGGUUACUCUCGUCUACAUGUUCAUACCUUUCAUGAGACAGUGUGUCCUCCCUUGAGUAGCCGGUUACAAGCAUCUACAGAUAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CACCUUCCUGUUUUUUC- U-| U U C A UUCAU UGACC UUACUCAGGGGAGG UAC CU GUCU CAUG \ AUUGG GAUGAGUUCCCUCC GUG GA CAGA GUAC A AAAUAGACAUCUACGAAC CC^ U U - - UUUCC 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Although there are reads of the 3p arm they are short so it is unclear if this is a Group 1 or Group 2 miRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Hru-Mir-1994-P1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGGAGGUUACUCUCGUCUACAUG -24
Get sequence
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Mature sequence | Hru-Mir-1994-P1_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UGAGACAGUGUGUCCUCCCUUG -59
Get sequence
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