MirGeneDB ID | Lgi-Mir-1994-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1994 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | lgi-mir-1994a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lgi-Mir-1994-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-1994-P1 Cte-Mir-1994 Dgr-Mir-1994 Eba-Mir-1994-P1 Efe-Mir-1994 Esc-Mir-1994-P1 Hru-Mir-1994-P1 Lan-Mir-1994-o1a Lan-Mir-1994-o1b Lhy-Mir-1994-P1 Llo-Mir-1994 Mgi-Mir-1994-P1 Mom-Mir-1994-P1 Npo-Mir-1994-P1 Obi-Mir-1994-P1 Ovu-Mir-1994-P1 Pve-Mir-1994-P1 Rph-Mir-1994-P1 War-Mir-1994-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Mollusca | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_4: 5290040-5290099 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1994-P1) |
Mir-1994-P1
LOTGIsca_4: 5290040-5290099 [+]
Ensembl
Mir-1994-P2 LOTGIsca_4: 5290321-5290377 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUAAUACAGCAAACCCAAGUUUUCUCUCAGGGGAAGUCACUCUCGUCUCCAUGCCCCGAUAUCAGCAUGAGACAGUGUGUCCUCCCUUGAGUGAGAUGCUAUAAAGCCGCUAUGUUGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGUAAUACAGCAAACCCA- -| U AGU U C C CCCCG AGU UUUC CUCAGGGGA CAC CU GUCUC AUG A UCG AGAG GAGUUCCCU GUG GA CAGAG UAC U UCGUUGUAUCGCCGAAAUA U^ U CCU U - - GACUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Although there are reads of the 3p arm they are short so it is unclear if this is a Group 1 or Group 2 miRNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Lgi-Mir-1994-P1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGGAAGUCACUCUCGUCUCCAUG -24
Get sequence
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Mature sequence | Lgi-Mir-1994-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009724 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGAGACAGUGUGUCCUCCCUUG -60
Get sequence
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