MirGeneDB ID | Pve-Mir-1994-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1994 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Vernerds tusk shell (Pictodentalium vernedei) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pve-Mir-1994-P2a Pve-Mir-1994-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-1994-P1 Cte-Mir-1994 Dgr-Mir-1994 Eba-Mir-1994-P1 Efe-Mir-1994 Esc-Mir-1994-P1 Hru-Mir-1994-P1 Lan-Mir-1994-o1a Lan-Mir-1994-o1b Lgi-Mir-1994-P1 Lhy-Mir-1994-P1 Llo-Mir-1994 Mgi-Mir-1994-P1 Mom-Mir-1994-P1 Npo-Mir-1994-P1 Obi-Mir-1994-P1 Ovu-Mir-1994-P1 Rph-Mir-1994-P1 War-Mir-1994-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Mollusca | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (PVE_manual_microRNAloci) |
CM062290.1:123318688-123318948: 101-161 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAGCGGGAUGAGACAUAAGGAGCGAUUCAGGGGAGGUCAUUCUCGUCUGCAUGCAUAAAACAUUAACAUGAGACAGUGUGUCCUCCCUUGUGUCGUUUACUGCUUAACGGCAUGGCGAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAGCGGGAUGAGACAUAAG--| U U U C G CAUAAA GAGCGAU CAGGGGAGG CAU CU GUCU CAUG \ UUUGCUG GUUCCCUCC GUG GA CAGA GUAC A UUAGCGGUACGGCAAUUCGUCA^ U U U - - AAUUAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pve-Mir-1994-P1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGGAGGUCAUUCUCGUCUGCAUG -24
Get sequence
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Mature sequence | Pve-Mir-1994-P1_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGAGACAGUGUGUCCUCCCUUG -61
Get sequence
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