MirGeneDB ID | Rph-Mir-1994-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1994 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rph-Mir-1994-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-1994-P1 Cte-Mir-1994 Dgr-Mir-1994 Eba-Mir-1994-P1 Efe-Mir-1994 Esc-Mir-1994-P1 Hru-Mir-1994-P1 Lan-Mir-1994-o1a Lan-Mir-1994-o1b Lgi-Mir-1994-P1 Lhy-Mir-1994-P1 Llo-Mir-1994 Mgi-Mir-1994-P1 Mom-Mir-1994-P1 Npo-Mir-1994-P1 Obi-Mir-1994-P1 Ovu-Mir-1994-P1 Pve-Mir-1994-P1 War-Mir-1994-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Mollusca | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Ruditapes_GCA_009026015) |
CM018530.1: 33665252-33665312 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGGAAUGAUACGCAUUUAAGGAGUGAAUCACGGGGCGACACCCUCGUCUCCAUGCCAUUCAAACAAGCAUGAGACAGUGUGUCCUCCCAUGAAUCGCUUUCGUUAUCAUCAUCAAUACAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGAAUGAUACGCAUUUAA--| A C C C C C CCAUUC GGAGUGA UCA GGGG GACAC CU GUCUC AUG \ UUUCGCU AGU CCCU CUGUG GA CAGAG UAC A CAACAUAACUACUACUAUUGC^ A A C U - - GAACAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Rph-Mir-1994-P1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGGGGCGACACCCUCGUCUCCAUG -24
Get sequence
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Mature sequence | Rph-Mir-1994-P1_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGAGACAGUGUGUCCUCCCAUG -61
Get sequence
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