MirGeneDB ID | Lgi-Mir-1994-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-1994 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | lgi-mir-1994b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lgi-Mir-1994-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-1994-P2 Cte-Mir-1994 Dgr-Mir-1994 Eba-Mir-1994-P2 Efe-Mir-1994 Esc-Mir-1994-P2 Hru-Mir-1994-P2 Lan-Mir-1994-o2a Lan-Mir-1994-o2b Llo-Mir-1994 Mgi-Mir-1994-P2 Mom-Mir-1994-P2 Npo-Mir-1994-P2 Obi-Mir-1994-P2 Ovu-Mir-1994-P2 Pve-Mir-1994-P2a Pve-Mir-1994-P2b Rph-Mir-1994-P2 War-Mir-1994-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Mollusca | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_4: 5290321-5290377 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1994-P2) |
Mir-1994-P1
LOTGIsca_4: 5290040-5290099 [+]
Ensembl
Mir-1994-P2 LOTGIsca_4: 5290321-5290377 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGAAGAGACAUUGAAAUGGCAACUGUUCUCAGGAAGAACAUUCUGUCUACAUGUUACACUAACCAUGAGACAGUGUGUCCUCCCUCAGGCUCAUAUCUUGCCGAAUUCGCCUUCUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGAAGAGACAUUGAAAU---------| AA UUCUC A A U A UUAC GGC CUG AGG AG ACAU CUGUCU CAUG A UCG GAC UCC UC UGUG GACAGA GUAC C UCUCUUCCGCUUAAGCCGUUCUAUAC^ -- ----- C C U - CAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Lgi-Mir-1994-P2_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGAAGAACAUUCUGUCUACAUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Lgi-Mir-1994-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009725 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGAGACAGUGUGUCCUCCCUCA -57
Get sequence
|