MirGeneDB ID | Hsa-Mir-342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-342 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUCACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Human (Homo sapiens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | hsa-mir-342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-342 Cfa-Mir-342 Cja-Mir-342 Cpo-Mir-342 Dno-Mir-342 Eca-Mir-342 Ete-Mir-342 Laf-Mir-342 Mml-Mir-342 Mmr-Mir-342 Mmu-Mir-342 Ocu-Mir-342 Pab-Mir-342 Rno-Mir-342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (hg38) |
chr14: 100109673-100109739 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGCCAACCUGUGAAACUGGGCUCAAGGUGAGGGGUGCUAUCUGUGAUUGAGGGACAUGGUUAAUGGAAUUGUCUCACACAGAAAUCGCACCCGUCACCUUGGCCUACUUAUCACCACCCCAAACAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGCCAACCUGUGAAAC--- U G UA--| AUUGA UGGUUA UGGGC CAAGGUGA GGGUGC UCUGUG GGGACA \ AUCCG GUUCCACU CCCACG AGACAC CUCUGU A GACAAACCCCACCACUAUUC - G CUAA^ A---- UAAGGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | The Drosha cut is supported by CAGE data (de Rie et al. 2017) although there is a second Drosha cut +1 on both arms and a second Dicer cut -4 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Hsa-Mir-342_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0004694 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGGGUGCUAUCUGUGAUUGAGGGACA -27
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004694 TargetScanVert: hsa-miR-342-5p TargetMiner: hsa-miR-342-5p miRDB: MIMAT0004694 |
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Mature sequence | Hsa-Mir-342_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000753 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UCUCACACAGAAAUCGCACCCGUCA -67
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000753 TargetScanVert: hsa-miR-342-3p TargetMiner: hsa-miR-342-3p miRDB: MIMAT0000753 |