MirGeneDB ID | Mmu-Mir-342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-342 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUCACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-342 Cfa-Mir-342 Cja-Mir-342 Cpo-Mir-342 Dno-Mir-342 Eca-Mir-342 Ete-Mir-342 Hsa-Mir-342 Laf-Mir-342 Mml-Mir-342 Mmr-Mir-342 Ocu-Mir-342 Pab-Mir-342 Rno-Mir-342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr12: 108658638-108658704 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUGCCAUCUGUGAAAAUGGGCUCAAGGUGAGGGGUGCUAUCUGUGAUUGAGGGACAUGGUCAAUGGAAUUGUCUCACACAGAAAUCGCACCCGUCACCUUGGCCUGCUGAGCACCACCAGAACCAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUGCCAUCUGUGAAAAU--- U G UA--| AUUGA UGGUCA GGGC CAAGGUGA GGGUGC UCUGUG GGGACA \ UCCG GUUCCACU CCCACG AGACAC CUCUGU A AACCAAGACCACCACGAGUCG - G CUAA^ A---- UAAGGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | The Drosha cut is supported by CAGE data (de Rie et al. 2017) although there is a second Drosha cut +1 on both the 5p and 3p arms and a second Dicer cut -4 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mmu-Mir-342_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0004653 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGGGUGCUAUCUGUGAUUGAGGGACA -27
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004653 TargetScanVert: mmu-miR-342-5p miRDB: MIMAT0004653 |
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Mature sequence | Mmu-Mir-342_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UCUCACACAGAAAUCGCACCCGUCA -67
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000590 TargetScanVert: mmu-miR-342-3p miRDB: MIMAT0000590 |