MirGeneDB ID | Ocu-Mir-342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-342 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUCACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-342 Cfa-Mir-342 Cja-Mir-342 Cpo-Mir-342 Dno-Mir-342 Eca-Mir-342 Ete-Mir-342 Hsa-Mir-342 Laf-Mir-342 Mml-Mir-342 Mmr-Mir-342 Mmu-Mir-342 Pab-Mir-342 Rno-Mir-342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0257: 21272-21336 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCUCCACAUGAGAACCUGGGCUCGAGGUGAGGGGUGCUCUCUGUGCGUGAGGGACAUGGCAAUCGAAUUGUCUCACACAGAAAUCGCACCCUCUCCUCGGCCUGCUCAGCACCACGCAGCCUGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCUCCACAUGAGAACCU---| U U - CUC CGUGA UGGCA GGGC CGAGG GAGGG GUG UCUGUG GGGACA A UCCG GCUCC CUCCC CGC AGACAC CUCUGU U CGUCCGACGCACCACGACUCG^ - U A UAA A---- UAAGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ocu-Mir-342_5p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0048388 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGGGUGCUCUCUGUGCGUGAGGGACA -27
Get sequence
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Mature sequence | Ocu-Mir-342_3p |
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mirBase accession | MIMAT0048389 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UCUCACACAGAAAUCGCACCCUCU -65
Get sequence
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