MirGeneDB ID | Lgi-Mir-2-P12d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lgi-Mir-2-o50 Lgi-Mir-2-P12a Lgi-Mir-2-P12b Lgi-Mir-2-P12c Lgi-Mir-2-P12e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-2-P12d Cte-Mir-2-P12 Dgr-Mir-2-P12 Esc-Mir-2-P12 Gsp-Mir-2 Hru-Mir-2-P12 Lhy-Mir-2-P12 Llo-Mir-2-P12 Mgi-Mir-2-P12 Npo-Mir-2-P12 Obi-Mir-2-P12 Ofu-Mir-2-P12 Ovu-Mir-2-P12 Pau-Mir-2-P12 Pdu-Mir-2-P12 Ple-Mir-2 Pve-Mir-2-P12 Rph-Mir-2-P12 War-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. gigantea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_2: 4514607-4514668 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P12d) |
Mir-71
LOTGIsca_2: 4515804-4515862 [-]
Ensembl
Mir-2-P12a LOTGIsca_2: 4520083-4520141 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAGUUGUUUGUAGAAGGUCAGCUACCCUUCUGACUAAGUGGCUGUGAUAAGUUUAAAAUCAUAGUCUUAUCACAGCCUGCUUAGAUCAGCAUAGAUUCUGACGUACCCUGCUAUUUCUACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAAGUUGUUUGUAGAAG-- CUACCCUU - -| UUUAAA GUCAG CUGA CUAAGU GGCUGUGAUAAG A CAGUC GACU GAUUCG CCGACACUAUUC U ACAUCUUUAUCGUCCCAUG UUAGAUAC A U^ UGAUAC 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Lgi-Mir-2-P12d_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUGACUAAGUGGCUGUGAUAAG -22
Get sequence
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Mature sequence | Lgi-Mir-2-P12d_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAUCACAGCCUGCUUAGAUCAGCA -62
Get sequence
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