| MirGeneDB ID | Lgi-Mir-2-P12a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | lgi-mir-2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lgi-Mir-2-o50 Lgi-Mir-2-P12b Lgi-Mir-2-P12c Lgi-Mir-2-P12d Lgi-Mir-2-P12e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-2-P12a Cte-Mir-2-P12 Dgr-Mir-2-P12 Esc-Mir-2-P12 Gsp-Mir-2 Hru-Mir-2-P12 Lhy-Mir-2-P12 Llo-Mir-2-P12 Mgi-Mir-2-P12 Npo-Mir-2-P12 Obi-Mir-2-P12 Ofu-Mir-2-P12 Ovu-Mir-2-P12 Pau-Mir-2-P12 Pdu-Mir-2-P12 Ple-Mir-2 Pve-Mir-2-P12 Rph-Mir-2-P12 War-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. gigantea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_2: 4520083-4520141 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P12a) |
Mir-71
LOTGIsca_2: 4515804-4515862 [-]
Ensembl
Mir-2-P12a LOTGIsca_2: 4520083-4520141 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAGUGUAUCUGAAAGUAUUUUGUCCCUGCUCUGACCAAGUGGCUGAGAUAAGUUUAUUUGAAUCUUAUCACAGCCUGCUUGGAUCAGUUCAGUGUCAAAUAUAAACAACAAAAUAGGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAGUGUAUCUGAAAGUAU-- UCC CU - -| A UUUAU UUUG CUG CUGA CCAAGU GGCUG GAUAAG \ AAAC GAC GACU GGUUCG CCGAC CUAUUC U UAGGAUAAAACAACAAAUAU UGU UU A U^ A UAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Lgi-Mir-2-P12a_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGACCAAGUGGCUGAGAUAAG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Lgi-Mir-2-P12a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0009559 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UAUCACAGCCUGCUUGGAUCAGUU -59
Get sequence
|
