MirGeneDB ID | Mdo-Mir-24-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-24 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCUCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mdo-mir-24-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mdo-Mir-24-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-24-P2 Ami-Mir-24-P2 Bta-Mir-24-P2 Cfa-Mir-24-P2 Cja-Mir-24-P2 Cmi-Mir-24-P2 Cpi-Mir-24-P2 Cpo-Mir-24-P2 Dno-Mir-24-P2 Dre-Mir-24-P2a Dre-Mir-24-P2b Eca-Mir-24-P2 Ete-Mir-24-P2 Gga-Mir-24-P2 Gmo-Mir-24-P2b Hsa-Mir-24-P2 Laf-Mir-24-P2 Lch-Mir-24-P2 Loc-Mir-24-P2 Mml-Mir-24-P2 Mmr-Mir-24-P2 Mmu-Mir-24-P2 Mun-Mir-24-P2 Neu-Mir-24-P2 Oan-Mir-24-P2 Ocu-Mir-24-P2 Pab-Mir-24-P2 Pbv-Mir-24-P2 Rno-Mir-24-P2 Sha-Mir-24-P2 Spt-Mir-24-P2 Sto-Mir-24-P2 Tgu-Mir-24-P2 Tni-Mir-24-P2b Xla-Mir-24-P2c Xla-Mir-24-P2d Xtr-Mir-24-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (monDom5_add) |
6: 17696509-17696568 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-24-P2) |
Mir-23-P2
6: 17695908-17695968 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P2 6: 17696108-17696170 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P2 6: 17696509-17696568 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUCUGAGCUGUCCGUUGGACCCGCCCUCCGGUGCCUACUGAGCUGAUAACAGUUCUGAUUUUACACACUGGCUCAGUUCAGCAGGAACAGGAGUCGAGCCCGAGAGCGAGAAGGACAAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUCUGAGCUGUCCGUUGGACC---| CC G G A UAA UCUGAU CG CUCC GU CCU CUGAGCUGA CAGU \ GC GAGG CA GGA GACUUGACU GUCA U CGAACAGGAAGAGCGAGAGCCCGA^ U- A A C CG- CACAUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mdo-Mir-24-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGCCUACUGAGCUGAUAACAGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mdo-Mir-24-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0004175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGGCUCAGUUCAGCAGGAACAG -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-24-3p |