| MirGeneDB ID | Mmr-Mir-320-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-320 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmr-mir-320a-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmr-Mir-320-P1a Mmr-Mir-320-P1b Mmr-Mir-320-P1d Mmr-Mir-320-P5 Mmr-Mir-320-P6 Mmr-Mir-320-P7 Mmr-Mir-320-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-320-P1c Cfa-Mir-320 Cja-Mir-320-P1 Cpo-Mir-320 Dno-Mir-320 Eca-Mir-320 Ete-Mir-320 Hsa-Mir-320-P1 Laf-Mir-320 Mml-Mir-320-P1 Mmu-Mir-320 Ocu-Mir-320 Pab-Mir-320-P1 Rno-Mir-320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. murinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007668.1: 19701191-19701244 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-320-P1c) |
Mir-320-P1c
CM007668.1: 19701191-19701244 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-26-P2 CM007668.1: 19750862-19750918 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUUGGAUUUUCAAAAAAAGGACAAAACAGGCCUUCUCUUCCCGGUUCUUCCCGGAGUCGGGAAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUUUGGAUUUUCAAAAAAAGGACAAAACAG--| UU C CGG GCCUUCUC CCCGGUU UUCC A CGGGAGAG GGGUCGA AAGG G CAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAG^ UU A GCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | As a non-canonical (Group 3, Kim et al. 2016) Drosha-independent 5' capped miRNA few star reads are cloned and sequenced. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmr-Mir-320-P1c_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCCUUCUCUUCCCGGUUCUUCC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mmr-Mir-320-P1c_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0049150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
32- AAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGA -54
Get sequence
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