MirGeneDB ID | Cfa-Mir-320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-320 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-320-P1a Bta-Mir-320-P1b Cpo-Mir-320 Dno-Mir-320 Ete-Mir-320 Hsa-Mir-320-P1 Hsa-Mir-320-P2a Hsa-Mir-320-P2b Hsa-Mir-320-P3 Hsa-Mir-320-P4 Mml-Mir-320-P1 Mml-Mir-320-P2a Mml-Mir-320-P2b Mml-Mir-320-P3 Mml-Mir-320-P4 Mmu-Mir-320 Ocu-Mir-320 Rno-Mir-320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr25: 35016676-35016729 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUUUAUCCGGCGGCGCCUCGCUCCCCUCCGCCUUCUCUUCCCGGUUCUUCCCGGAGUCGGGAAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGAAAAAGGAAGAGGGGUCUGGUCUGGGUUACGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAUUUAUCCGGCGGCGC--| GC CCUC- UU C CGG CUC UCC CGCCUUCUC CCCGGUU UUCC A GAG AGG GCGGGAGAG GGGUCGA AAGG G GCAUUGGGUCUGGUCUGGG^ A- AAAAA UU A GCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | As a non-canonical (Group 3, Kim et al. 2016) Drosha-independent 5' capped miRNA few star reads are cloned and sequenced. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-320_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCCUUCUCUUCCCGGUUCUUCC -22
Get sequence
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Mature sequence | Cfa-Mir-320_3p |
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mirBase accession | MIMAT0006658 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
32- AAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGA -54
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-320 miRDB: MIMAT0006658 |