MirGeneDB ID | Rno-Mir-320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-320 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-320-P1c Bta-Mir-320-P1d Cfa-Mir-320 Cja-Mir-320-P1 Cpo-Mir-320 Dno-Mir-320 Eca-Mir-320 Ete-Mir-320 Hsa-Mir-320-P1 Hsa-Mir-320-P2a Hsa-Mir-320-P2b Hsa-Mir-320-P3 Hsa-Mir-320-P4 Laf-Mir-320 Mml-Mir-320-P1 Mml-Mir-320-P2a Mml-Mir-320-P2b Mml-Mir-320-P3 Mml-Mir-320-P4 Mmr-Mir-320-P1a Mmr-Mir-320-P1b Mmr-Mir-320-P1c Mmr-Mir-320-P1d Mmr-Mir-320-P5 Mmr-Mir-320-P6 Mmr-Mir-320-P7 Mmr-Mir-320-P8 Mmu-Mir-320 Ocu-Mir-320 Pab-Mir-320-P1 Pab-Mir-320-P2a Pab-Mir-320-P2b Pab-Mir-320-P3 Pab-Mir-320-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chr15: 52134291-52134344 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUUUAUCAGACGGUGCCUCGCUGUCCUCCGCCUUCUCUUCCCGGUUCUUCCCGGAGUCGGGAAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGAAAAAGGAUAUGGGAGUGGAUUCUGAACUGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAUUUAUCAGACGGUGCC C C---| UU C CGG UCG UGUCCU CGCCUUCUC CCCGGUU UUCC A GGU AUAGGA GCGGGAGAG GGGUCGA AAGG G UGUCAAGUCUUAGGUGAG - AAAA^ UU A GCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | As a non-canonical (Group 3, Kim et al. 2016) Drosha-independent 5' capped miRNA few star reads are cloned and sequenced. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Rno-Mir-320_5p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0017168 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCCUUCUCUUCCCGGUUCUUCC -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-320-5p miRDB: MIMAT0017168 |
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Mature sequence | Rno-Mir-320_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
32- AAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGA -54
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000903 TargetScanVert: rno-miR-320-3p miRDB: MIMAT0000903 |