MirGeneDB ID | Ete-Mir-320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-320 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAAGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-320-P1c Bta-Mir-320-P1d Cfa-Mir-320 Cja-Mir-320-P1 Cpo-Mir-320 Dno-Mir-320 Eca-Mir-320 Hsa-Mir-320-P1 Hsa-Mir-320-P2a Hsa-Mir-320-P2b Hsa-Mir-320-P3 Hsa-Mir-320-P4 Laf-Mir-320 Mml-Mir-320-P1 Mml-Mir-320-P2a Mml-Mir-320-P2b Mml-Mir-320-P3 Mml-Mir-320-P4 Mmr-Mir-320-P1a Mmr-Mir-320-P1b Mmr-Mir-320-P1c Mmr-Mir-320-P1d Mmr-Mir-320-P5 Mmr-Mir-320-P6 Mmr-Mir-320-P7 Mmr-Mir-320-P8 Mmu-Mir-320 Ocu-Mir-320 Pab-Mir-320-P1 Pab-Mir-320-P2a Pab-Mir-320-P2b Pab-Mir-320-P3 Pab-Mir-320-P4 Rno-Mir-320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (echTel2) |
JH980320: 9882431-9882484 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUUUAUGCAGCGGCGCCGCGCCUCCCUCCGCCUUCUCUUCCCGGUUCUUCCCGGAGUCGGGAAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGAAAAAAGAUGAGGGUCUACGUGACGAUUUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAUUUAUGCAGCGGCGCCGCGCCUC ---------| UU C CGG CCUC CGCCUUCUC CCCGGUU UUCC A GGAG GCGGGAGAG GGGUCGA AAGG G GGUUUAGCAGUGCAUCUG------- UAGAAAAAA^ UU A GCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | As a non-canonical (Group 3, Kim et al. 2016) Drosha-independent 5' capped miRNA few star reads are cloned and sequenced. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ete-Mir-320_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCCUUCUCUUCCCGGUUCUUCC -22
Get sequence
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Mature sequence | Ete-Mir-320_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
32- AAAAGCUGGGUUGAGAGGGCGA -54
Get sequence
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