MirGeneDB ID | Mmu-Mir-188-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-188 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGCCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-532 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mmu-Mir-188-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-188-P1 Cfa-Mir-188-P1 Cja-Mir-188-P1 Cpo-Mir-188-P1 Dno-Mir-188-P1 Eca-Mir-188-P1 Hsa-Mir-188-P1 Laf-Mir-188-P1 Mml-Mir-188-P1 Mmr-Mir-188-P1 Ocu-Mir-188-P1 Pab-Mir-188-P1 Rno-Mir-188-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chrX: 7248419-7248477 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-188-P1) |
Mir-362-P6
chrX: 7237694-7237754 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-362-P5 chrX: 7241269-7241328 [-] UCSC Ensembl Mir-362-P4 chrX: 7241984-7242042 [-] UCSC Ensembl Mir-188-P2 chrX: 7247992-7248051 [-] UCSC Ensembl Mir-188-P1 chrX: 7248419-7248477 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCACGCCUACAGAUUUGCUUUUUCUCUUCCAUGCCUUGAGUGUAGGACCGUUGACAUCUUAAUUACCCUCCCACACCCAAGGCUUGCAGGAGAGCAAGCCUUCUCUUCUCUCUCCUGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGCACGCCUACAGAUUU--| U C U A A CC UGACAU GCUU UUCUCUU CA GCCUUG GUGU GGA GU \ CGAA GAGAGGA GU CGGAAC CACA CCU CA C UGUCCUCUCUCUUCUCUUC^ C C U C C CC UUAAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Mmu-Mir-188-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0002889 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUGCCUUGAGUGUAGGACCGU -22
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0002889 TargetScanVert: mmu-miR-532-5p miRDB: MIMAT0002889 |
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Star sequence | Mmu-Mir-188-P1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0004781 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CCUCCCACACCCAAGGCUUGCA -59
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004781 TargetScanVert: mmu-miR-532-3p miRDB: MIMAT0004781 |