| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-187 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CGUGUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-187 Ami-Mir-187 Bta-Mir-187 Cfa-Mir-187 Cja-Mir-187 Cli-Mir-187 Cpi-Mir-187 Cpo-Mir-187 Dno-Mir-187 Dre-Mir-187 Eca-Mir-187 Ete-Mir-187 Gga-Mir-187 Gja-Mir-187 Gmo-Mir-187 Hsa-Mir-187 Laf-Mir-187 Lch-Mir-187 Loc-Mir-187 Mal-Mir-187 Mdo-Mir-187 Mml-Mir-187 Mmr-Mir-187 Mmu-Mir-187 Mun-Mir-187 Neu-Mir-187 Oan-Mir-187 Pab-Mir-187 Rno-Mir-187 Sha-Mir-187 Spt-Mir-187 Tgu-Mir-187 Tni-Mir-187 Xtr-Mir-187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chr9: 77158808-77158865 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGACUCCCCAUGACACGGUGUGAGACCUCGGGCUACAACACAGGACCCGGGCGCUGCUCUGACCCCUCGUGUCUUGUGUUGCAGCCGGAGGGACGCAGGUUCGCAGCAGAGCCUGCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGACUCCCCAUGACACGG---| AGA G A C CGCUGC UGUG CCUC GGCU CAACACAGGAC CGGG U ACGC GGAG CCGA GUUGUGUUCUG GCUC C CUCGUCCGAGACGACGCUUGG^ AG- G C U CCCAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There are Drosha cuts +1 and +2 on the 5p arm. The 3' end of the 3p arm is also likely monoadenylated when not monouridylated despite the templated adenosine. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-187_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0048295 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGCUACAACACAGGACCCGGGC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-187_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UCGUGUCUUGUGUUGCAGCCGG -58
Get sequence
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