| MirGeneDB ID | Ofu-Mir-1990-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1990 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGGACUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | tubeworm (Owenia fusiformis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ofu-Mir-1990-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1990-P2 Cte-Mir-1990-P2 Cte-Mir-1990-P2-as Eba-Mir-1990-P2 Efe-Mir-1990-P2 Hru-Mir-1990-P2 Lan-Mir-1990-P2 Lgi-Mir-1990-P2 Mgi-Mir-1990-P2 Mom-Mir-1990-P2 Npo-Mir-1990-P2 Pdu-Mir-1990-P2 Pdu-Mir-1990-P2-as Pve-Mir-1990-P2a1 Pve-Mir-1990-P2a2 Pve-Mir-1990-P2b Pve-Mir-1990-P2c Pve-Mir-1990-P2d Pve-Mir-1990-P2e Rph-Mir-1990-P2 War-Mir-1990-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_903813345.2_Owenia) |
CAIIXF020000006.1: 29791317-29791373 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCUAUGGAGACAUCGAGGCGACUCAGGGCAGUAAGUUGAUAUAGUCCCAGGAUCUGAUGCCACCCGGGACUACUUUAACUUACAGCUCGAGAGUCCGCCGUUGAACAGCAUACAGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UGCUAUGGAGACAUCGAG - A-| A UA A AUCUG GC GACUC GGGC GUAAGUUGA UAGUCCC GG \ CG CUGAG CUCG CAUUCAAUU AUCAGGG CC A AGACAUACGACAAGUUGC C AG^ A UC C ACCGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Drosha cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Ofu-Mir-1990-P2_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUAAGUUGAUAUAGUCCCAGG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Ofu-Mir-1990-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CGGGACUACUUUAACUUACAGC -57
Get sequence
|
