| MirGeneDB ID | Pma-Mir-315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-315 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUUGAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pma-mir-315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-315 Aga-Mir-315 Agr-Mir-315 Ava-Mir-315-P7 Ava-Mir-315-P8 Bge-Mir-315 Bko-Mir-315 Bpl-Mir-315 Cbr-Mir-315 Cel-Mir-315 Csc-Mir-315 Cte-Mir-315 Dan-Mir-315 Dgr-Mir-315-P1 Dgr-Mir-315-P2 Dlo-Mir-315 Dma-Mir-315 Dme-Mir-315 Dmo-Mir-315 Dpu-Mir-315 Dsi-Mir-315 Dya-Mir-315 Eba-Mir-315 Efe-Mir-315 Esc-Mir-315 Gpa-Mir-315 Gsp-Mir-315 Hru-Mir-315 Isc-Mir-315 Lan-Mir-315 Lgi-Mir-315 Lhy-Mir-315 Llo-Mir-315 Lpo-Mir-315-P3 Lpo-Mir-315-P4 Lpo-Mir-315-P5 Lpo-Mir-315-P6-v1 Lpo-Mir-315-P6-v2 Mgi-Mir-315-v1 Mgi-Mir-315-v2 Mom-Mir-315 Nag-Mir-315 Npo-Mir-315 Obi-Mir-315 Ofu-Mir-315 Ovu-Mir-315 Pau-Mir-315 Pca-Mir-315 Pcr-Mir-315 Pdu-Mir-315 Pfl-Mir-315 Pve-Mir-315 Rph-Mir-315 Sko-Mir-315 Sme-Mir-315 Sne-Mir-315 Snu-Mir-315 Tca-Mir-315 Tur-Mir-315 War-Mir-315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046082.1: 2604184-2604244 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCGACCUCCGACCUGCCGCGUUGUUCCCGAUUUGAUUGUUGCUCAGAAAGCCGUGAAUUGAACGUCGACUUUCGGGCAUCAAUCAAAACGGGAGGCGCGGCCCAGCCAGCACAGGAGCCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCGACCUCCGACCUGC----| UG A U A C UGAAU CGCGU UUCCCG UUUGAUUG UGCUC GAAAG CG U GCGCG GAGGGC AAACUAAC ACGGG CUUUC GC G ACCGAGGACACGACCGACCCG^ -- A U - A UGCAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pma-Mir-315_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0019539 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUUUGAUUGUUGCUCAGAAAGCCG -24
Get sequence
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| Star sequence | Pma-Mir-315_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUUUCGGGCAUCAAUCAAAACG -61
Get sequence
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