MirGeneDB ID | Tca-Mir-315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-315 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUUGAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tca-mir-315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-315 Aga-Mir-315 Agr-Mir-315 Ava-Mir-315-P7 Ava-Mir-315-P8 Bge-Mir-315 Bko-Mir-315 Bpl-Mir-315 Cbr-Mir-315 Cel-Mir-315 Csc-Mir-315 Cte-Mir-315 Dan-Mir-315 Dgr-Mir-315-P1 Dgr-Mir-315-P2 Dlo-Mir-315 Dma-Mir-315 Dme-Mir-315 Dmo-Mir-315 Dpu-Mir-315 Dsi-Mir-315 Dya-Mir-315 Eba-Mir-315 Efe-Mir-315 Esc-Mir-315 Gpa-Mir-315 Gsp-Mir-315 Hru-Mir-315 Isc-Mir-315 Lan-Mir-315 Lgi-Mir-315 Lhy-Mir-315 Llo-Mir-315 Lpo-Mir-315-P3 Lpo-Mir-315-P4 Lpo-Mir-315-P5 Lpo-Mir-315-P6-v1 Lpo-Mir-315-P6-v2 Mgi-Mir-315-v1 Mgi-Mir-315-v2 Mom-Mir-315 Nag-Mir-315 Npo-Mir-315 Obi-Mir-315 Ofu-Mir-315 Ovu-Mir-315 Pau-Mir-315 Pca-Mir-315 Pcr-Mir-315 Pdu-Mir-315 Pfl-Mir-315 Pma-Mir-315 Pve-Mir-315 Rph-Mir-315 Sko-Mir-315 Sme-Mir-315 Sne-Mir-315 Snu-Mir-315 Tur-Mir-315 War-Mir-315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tcas5.2) |
LGX: 1327607-1327665 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGAGACGACGAGCCUGCAGUUCCUUUUGCUUUUGAUUGUUGCUCAGAAAGCCGGGUGUUAGAAAGGCUUUCGGGCAAUAAUCAUUUCCAAAGAGGACUCGUCACAACUCGCUUCGUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGGAGACGACGAGCCUGC--| U GCUUU- A GGGUG AGU CCUUUU UGAUUGUUGCUC GAAAGCC U UCA GGAGAA ACUAAUAACGGG CUUUCGG U UUUGCUUCGCUCAACACUGC^ - ACCUUU - AAAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Tca-Mir-315_5p |
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mirBase accession | MIMAT0010096 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUUGAUUGUUGCUCAGAAAGCC -23
Get sequence
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Star sequence | Tca-Mir-315_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CUUUCGGGCAAUAAUCAUUUCC -59
Get sequence
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