MirGeneDB ID | Sme-Mir-1175-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1175 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sme-mir-755 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sme-Mir-1175-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-1175 Asu-Mir-1175 Bge-Mir-1175 Bpl-Mir-1175 Cgi-Mir-1175 Cte-Mir-1175 Dan-Mir-1175 Dma-Mir-1175 Dme-Mir-1175 Dmo-Mir-1175 Dpu-Mir-1175 Dsi-Mir-1175 Hme-Mir-1175 Isc-Mir-1175 Lan-Mir-1175 Lgi-Mir-1175 Npo-Mir-1175 Obi-Mir-1175 Ovu-Mir-1175 Tca-Mir-1175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000064_dd_Smes_g4_64: 240466-240524 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1175-P9) |
Mir-1175-P9
NNSW01000064_dd_Smes_g4_64: 240466-240524 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-750 NNSW01000064_dd_Smes_g4_64: 240588-240657 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUAAAGAAUCUGUUGCCACACUUUUCUGUAGUGGAGCUAUUGUAUUUCACCGUGGUUGGCUAUCGUGAGAUUCAAUUACUCCAACUACGAUUUAGUGGCAAAUCUUCAUAAUGGGGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUAAAGAAUCUGUUGCCA-- UU-| U - CU U CGUGGU CACU UC GUAGU GGAG AUUG AUUUCAC U GUGA AG CAUCA CCUC UAAC UAGAGUG G UAGGGGUAAUACUUCUAAACG UUU^ - A AU U CUAUCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Sme-Mir-1175-P9_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0004022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUGGAGCUAUUGUAUUUCACC -22
Get sequence
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Mature sequence | Sme-Mir-1175-P9_3p |
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mirBase accession | MIMAT0012126 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UGAGAUUCAAUUACUCCAACUAC -59
Get sequence
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