MirGeneDB ID | Sme-Mir-1175-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1175 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGGAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sme-mir-755 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sme-Mir-1175-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-1175 Agr-Mir-1175 Asu-Mir-1175 Bge-Mir-1175 Bko-Mir-1175 Bpl-Mir-1175 Cte-Mir-1175 Dan-Mir-1175 Dgr-Mir-1175 Dlo-Mir-1175 Dma-Mir-1175 Dme-Mir-1175 Dmo-Mir-1175 Dpu-Mir-1175 Dsi-Mir-1175 Eba-Mir-1175 Gpa-Mir-1175 Gsa-Mir-1175 Gsp-Mir-1175 Hme-Mir-1175 Hru-Mir-1175 Isc-Mir-1175 Lan-Mir-1175 Lgi-Mir-1175 Llo-Mir-1175 Mgi-Mir-1175 Mom-Mir-1175 Npo-Mir-1175 Obi-Mir-1175 Ofu-Mir-1175 Ovu-Mir-1175 Pau-Mir-1175 Pca-Mir-1175 Pdu-Mir-1175 Pve-Mir-1175 Rph-Mir-1175 Sma-Mir-1175 Sne-Mir-1175 Snu-Mir-1175 Tca-Mir-1175 War-Mir-1175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000064_dd_Smes_g4_64: 240466-240524 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1175-P9) |
Mir-1175-P9
NNSW01000064_dd_Smes_g4_64: 240466-240524 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-750 NNSW01000064_dd_Smes_g4_64: 240588-240657 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUAAAGAAUCUGUUGCCACACUUUUCUGUAGUGGAGCUAUUGUAUUUCACCGUGGUUGGCUAUCGUGAGAUUCAAUUACUCCAACUACGAUUUAGUGGCAAAUCUUCAUAAUGGGGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUAAAGAAUCUGUUGCCA-- UU-| U - CU U CGUGGU CACU UC GUAGU GGAG AUUG AUUUCAC U GUGA AG CAUCA CCUC UAAC UAGAGUG G UAGGGGUAAUACUUCUAAACG UUU^ - A AU U CUAUCG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Sme-Mir-1175-P9_5p |
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mirBase accession | MIMAT0004022 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUGGAGCUAUUGUAUUUCACC -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Sme-Mir-1175-P9_3p |
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mirBase accession | MIMAT0012126 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UGAGAUUCAAUUACUCCAACUAC -59
Get sequence
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