MirGeneDB ID | Cte-Mir-1175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1175 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cte-mir-1175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-1175 Asu-Mir-1175 Bge-Mir-1175 Bpl-Mir-1175 Cgi-Mir-1175 Dan-Mir-1175 Dma-Mir-1175 Dme-Mir-1175 Dmo-Mir-1175 Dpu-Mir-1175 Dsi-Mir-1175 Dya-Mir-1175-P3 Dya-Mir-1175-P4 Efe-Mir-1175-P1 Efe-Mir-1175-P2 Hme-Mir-1175 Isc-Mir-1175 Lan-Mir-1175 Lgi-Mir-1175 Lpo-Mir-1175-P5 Lpo-Mir-1175-P6 Lpo-Mir-1175-P7 Npo-Mir-1175 Obi-Mir-1175 Ovu-Mir-1175 Sme-Mir-1175-P8 Sme-Mir-1175-P9 Tca-Mir-1175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_910: 15451-15510 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1175) |
Mir-750
CAPTEscaffold_910: 14366-14434 [+]
Ensembl
Mir-1175 CAPTEscaffold_910: 15451-15510 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGUUCUUUUCCGUUUGCGGUGCUUGAGAUUAGUGGAGAGAGUUUUAUCUCAUCGAGCUUGAUUUGGGUGAGAUUCAACUCCUCCAACUGCUCUCACACUGAAUUUGCUCCUCCUCCUCGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CGUUCUUUUCCGUUUGC----| CU U - A UU GAGCU GGUG UGAGA UAGU GGAG GAGUU AUCUCAUC U UCAC ACUCU GUCA CCUC CUCAA UAGAGUGG G UGCUCCUCCUCCUCGUUUAAG^ -- C A - CU GUUUA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cte-Mir-1175_5p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0009549 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUGGAGAGAGUUUUAUCUCAUC -23
Get sequence
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Mature sequence | Cte-Mir-1175_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009550 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UGAGAUUCAACUCCUCCAACUGC -60
Get sequence
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