MirGeneDB ID | Asu-Mir-1175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1175 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGAUUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Large roundworm (Ascaris suum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | asu-mir-1175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-1175 Aga-Mir-1175-v1 Aga-Mir-1175-v2 Agr-Mir-1175 Ava-Mir-1175-P10 Ava-Mir-1175-P11 Bge-Mir-1175 Bko-Mir-1175 Bpl-Mir-1175 Cte-Mir-1175 Dan-Mir-1175 Dgr-Mir-1175 Dlo-Mir-1175 Dma-Mir-1175 Dme-Mir-1175 Dmo-Mir-1175 Dpu-Mir-1175 Dsi-Mir-1175 Dya-Mir-1175-P3 Dya-Mir-1175-P4 Eba-Mir-1175 Efe-Mir-1175-P1 Efe-Mir-1175-P2 Gpa-Mir-1175 Gsa-Mir-1175 Gsp-Mir-1175 Hme-Mir-1175 Hru-Mir-1175 Isc-Mir-1175 Lan-Mir-1175 Lgi-Mir-1175 Llo-Mir-1175 Lpo-Mir-1175-P5 Lpo-Mir-1175-P6 Lpo-Mir-1175-P7 Mgi-Mir-1175 Mom-Mir-1175 Npo-Mir-1175 Obi-Mir-1175 Ofu-Mir-1175 Ovu-Mir-1175 Pau-Mir-1175 Pca-Mir-1175 Pcr-Mir-1175-P12-v1 Pcr-Mir-1175-P12-v2 Pcr-Mir-1175-P13 Pdu-Mir-1175 Pve-Mir-1175 Rph-Mir-1175 Sma-Mir-1175 Sme-Mir-1175-P8 Sme-Mir-1175-P9 Sne-Mir-1175 Snu-Mir-1175 Tca-Mir-1175 Tur-Mir-1175-v1 Tur-Mir-1175-v2 War-Mir-1175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ASU_PRJNA80881_plustraces) |
Scaffold33: 575559-575621 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1175) |
Mir-750
Scaffold33: 575078-575140 [+]
Mir-1175 Scaffold33: 575559-575621 [+] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCGACGGCCAAUGCAUAUGGACGGUCAAAAAAGUGGAGGAUUGGGUCUGCACUGAAUGACAUGGCAUAGUGAGAUUCUCAUUCCUCCAUUUAGCUGCCUGUUCUUAUUGCUGUCAUAUGGCCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCGACGGCCAAUGCAUAU-- U AAA U --| G GAAUGA GGACGG CA AAGUGGAGGA UGGG UCU CACU C CUUGUC GU UUUACCUCCU ACUC AGA GUGA A ACCGGUAUACUGUCGUUAUU C CGA U UU^ - UACGGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Asu-Mir-1175_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0021533 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAGUGGAGGAUUGGGUCUGCACU -23
Get sequence
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Mature sequence | Asu-Mir-1175_3p |
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mirBase accession | MIMAT0021534 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGAGAUUCUCAUUCCUCCAUUUAG -63
Get sequence
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